Theo Thanh tra Chính phủ, công tác quản lý sử dụng đất của Trường đại học Nông lâm TP. Hồ Chí Minh còn nhiều tồn tại. Nhà trường không có phương án sắp xếp sử dụng nhà đất theo quy định; giao đất trái thẩm quyền, sai quy định; công tác quản lý không chặt chẽ (chưa có quy hoạch chi tiết, công tác quản lý địa chính bị buông lỏng).
Đặc biệt, cơ quan thanh tra khẳng định, tại nhà trường đã xảy ra tình trạng lấn chiếm 3 khu vực, trong đó có khu vực người dân sử dụng đất đã hình thành nên một khu phố, nhưng việc xử lý thiếu kiên quyết, không đồng bộ, từ đó dẫn đến tình trạng khiếu kiện kéo dài đối với chính quyền địa phương, không giải quyết dứt điểm được.
Trong nội dung giao đất, Thanh tra Chính phủ kết luận nhà trường giao đất cho 25 trường hợp là cán bộ công nhân viên không đúng quy định. Sau giao đất không tiến hành quản lý để xảy ra tình trạng lấn chiếm, xây dựng không phép của các hộ, tách hộ, trách nhiệm thuộc về hiệu trưởng và giám đốc Đại học Quốc gia qua các thời kỳ.
Cũng theo cơ quan thanh tra, tại nhà trường xảy ra tình trạng tự ý giao đất để làm trạm biến thế điện, hiện tại chưa hoàn tất các thủ tục; tạm giao hơn 6.000 m2 đất hành lang đường Xuyên Á không có căn cứ pháp lý (không có quy định pháp lý về tạm giao đất); công tác quản lý địa chính không chặt chẽ, dẫn đến không theo dõi được tình hình biến động đất đai, thực trạng sử dụng đất, cấp “sổ đỏ” chồng lấn; hợp tác, liên doanh liên kết không đúng quy định (bến xe buýt, ki ốt, khu kinh doanh cây xanh đô thị); không kịp thời lập phương án sắp xếp nhà, đất theo Quyết định 09/2007 của Thủ tướng Chính phủ.
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ phát hiện nhà trường chưa lập và trình duyệt quy hoạch chi tiết. Kể từ năm 1990, khi được giao đất đến nay, nhà trường chưa trình duyệt được quy hoạch chi tiết về sử dụng đất cũng như quy hoạch chi tiết xây dựng phát triển không gian.
Các dự án đầu tư mang tính riêng lẻ, không thể hiện sự kết nối trên tổng thể giữa nhà trường với Đại học Quốc gia và các dự án hạ tầng của địa phương. Với sai phạm này, cơ quan thanh tra cho rằng, sẽ gây khó khăn cho công tác quản lý, tiềm ẩn sự lãng phí nguồn vốn đầu tư tiền vốn và đất đai.