Theo hồ sơ phóng viên nắm được, vụ án này đang cho thấy những dấu hiệu bất thường về kiểm toán. Đây là một quá trình do các kiểm toán viên có đủ năng lực và độc lập tiến hành nhằm thu thập các bằng chứng về những thông tin có thể định lượng được của một tổ chức và đánh giá chúng, nhằm thẩm định và báo cáo về mức độ phù hợp giữa các thông tin đó với các chuẩn mực đó được thiết lập. Như vậy đối tượng kiểm toán phải là thông tin cần kiểm tra.
Theo luật sư Đỗ Hòa (bào chữa cho bị cáo Đỗ Thái Hoà), có nhiều bất thường và vô lý khi CQĐT cho rằng Cty Aqua lập báo cáo tài chính khống từ lỗ sang lãi để được vay vốn ngân hàng, đây là tài liệu chứng cứ chính mà CQĐT dùng làm chứng cứ buộc tội các bị cáo thuộc Cty Aquafeed Cửu Long. Báo cáo tài chính Cty Aqua gửi Argibank Trà Vinh và báo cáo tài chính Cty Aqua nộp cơ quan thuế tương đồng về mức lãi chưa phân phối là Cty có lãi 5,9 tỉ đồng.
Với mức lợi nhuận như vậy, thuế thu nhập phải nộp ghi trên tờ khai thuế doanh nghiệp của Cty Aqua khai với cơ quan thuế là 1,5 tỉ đồng và đã được cơ quan thuế kiểm tra và chấp nhận. Có qui định nào cho rằng báo cáo tài chính thuế là báo cáo khống? Nếu báo cáo này có số liệu sai sự thật thì CQĐT phải yêu cầu kiểm toán ngay trên báo cáo tài chính nộp ngân hàng, đây mới đúng là đối tượng cần kiểm toán chứ không phải yêu cầu kiểm toán một báo cáo tài chính khác được lập vào tháng 7.2013 với quá nhiều dấu hiệu bất thường.
Tại sao CQĐT lại yêu cầu kiểm toán một báo cáo tài chính ghi sẵn mức lỗ của Cty Aqua vào thời điểm cuối năm 2010 là 30 tỉ đồng. Báo cáo tài chính này không biết lấy số liệu từ đâu? Được lập vì mục đích gì?
Hơn nữa, tại phiên toà lần này, trong phần xét hỏi của luật sư Hoà, ông Vũ Mạnh Tuấn - giám đốc cuối cùng của Cty Aquafeed Cửu Long đã trình bày rất nhiều tình tiết bất thường xung quanh báo cáo tài chính lập vào tháng 7.2013. Ông Tuấn khai trước HĐXX rằng ông không có chuyên môn về kế toán tài chính, hoàn toàn không biết gì về số liệu trong báo cáo kiểm toán, nhưng CQĐT yêu cầu ông và các kiểm toán viên của Cty kiểm toán ký báo cáo kiểm toán này tại CQĐT, mặc dù trong báo cáo ghi lập tại Cty Aquafeed Cửu Long.