Theo hồ sơ, Viện SENA có nhiệm vụ nghiên cứu, xây dựng và triển khai các chương trình, dự án trên các lĩnh vực kinh tế... đề xuất các biện pháp quản lý và chính sách phát triển trong các lĩnh vực kinh tế.
Theo cáo trạng, từ tháng 5.2013-1.2023, với danh nghĩa Viện SENA - một tổ chức chính trị xã hội trực thuộc Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam, Nguyễn Sơn Lộ đã lợi dụng quyền tự do ngôn luận, biên soạn, biên tập, phát tán cho nhiều người 5 tài liệu.
Các tài liệu này gồm: Cốt lõi thành công là trân trọng, liên kết, thống nhất các sự khác biệt; Làm gì cho Tổ quốc Việt Nam; Chính thể mới, Kết nối mới, Việt Nam mới; Quốc gia trong kỷ nguyên kết nối văn hoá; Giấy mời Trà đàm - Đường lớn đến tương lai.
Bị cáo còn lợi dụng quyền khiếu nại của công dân, soạn thảo và phát tán cho nhiều người Đơn khiếu nại đề ngày 19.12.2022.
Tập thể Giám định viên Bộ Thông tin và Truyền thông kết luận: Các tài liệu trên đều có nội dung xâm phạm đến lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân.
"Đây là hành vi nguy hiểm cho xã hội, gây ảnh hưởng xấu đến an ninh trật tự và an toàn xã hội", cáo trạng nêu.
Hành vi đó phạm vào tội "Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân”.
Ngoài ra, từ tháng 11.2020 - 7.2022, bị cáo còn cho thuê trái phép một phần trụ sở Viện SENA thu lợi số tiền hơn 2,3 tỉ đồng. Việc làm này trái với điều lệ hoạt động của Viện, trái với quy định Luật quản lý, sử dụng tài sản công.
Căn nhà số 35 Điện Biên Phủ (Hà Nội) thuộc sở hữu Nhà nước, Viện SENA thuê để làm trụ sở. Nhưng từ năm 2005, Viện SENA không nộp tiền thuê nhà, không thực hiện kê khai cơ sở nhà đất, đang quản lý sử dụng, tự ý cho các tổ chức nước ngoài thuê một phần diện tích
Hành vi cho thuê trụ sở trái phép của bị cáo đã xâm phạm trật tự quản lý hành chính Nhà nước về nhà đất, gây cản trở quyền quản lý, sắp xếp, cho thuê, gây thất thu tiền thuê nhà của Nhà nước, gây bức xúc trong dư luận, phức tạp về an ninh, trật tự.
Hành vi này của bị cáo Lộ được xác định phạm vào tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".