Theo nội dung vụ án: Ngày 4.7.2014, Phạm Chí Dũng cùng Nguyễn Tường Thụy và 39 người khác ra tuyên bố thành lập cái gọi là "Hội Nhà báo độc lập Việt Nam" (đến năm 2018 có 72 hội viên tham gia), bầu Ban lãnh đạo "Hội Nhà báo độc lập Việt Nam" gồm 5 thành viên. Nội dung "Tuyên bố thành lập Hội Nhà báo độc lập Việt Nam" là đấu tranh, làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam hiện nay.
Sau khi thành lập, Phạm Chí Dũng với vai trò "chủ tịch" đã chỉ đạo tạo lập trang web "Việt Nam Thời báo". Dũng làm quản trị trang web này, nhận và duyệt đăng thông tin bài viết của mình, của hội viên và của các cộng tác viên, có nội dung chống phá Nhà nước Việt Nam; đồng thời, tuyên truyền về hoạt động của "Hội Nhà báo độc lập Việt Nam". Qua đó lôi kéo, phát triển hội viên trong và ngoài nước vào hoạt động chống phá Nhà nước Việt Nam.
Phạm Chí Dũng sử dụng nhiều bút danh khác nhau để viết, đăng tải 1.530 tin, bài viết trên trang "Việt Nam Thời báo" của "Hội Nhà báo độc lập Việt Nam", có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân, bịa đặt, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam, nhằm chống Nhà nước XHCN Việt Nam.
Còn Nguyễn Tường Thụy, với vai trò là "Phó Chủ tịch Hội Nhà báo độc lập Việt Nam", phụ trách "Chi hội miền Bắc" đã sử dụng nhiều bút danh để đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước, vi phạm pháp luật.
Trong khi đó, Lê Hữu Minh Tuấn là thành viên "Hội Nhà báo độc lập Việt Nam", đã sử dụng nhiều bút danh để đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước, vi phạm pháp luật.
Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy, Lê Hữu Minh Tuấn thường xuyên tiếp xúc với các đối tượng bất mãn về chính trị trong và ngoài nước, có tư tưởng bất mãn với chính quyền, có quá trình hoạt động chống phá Nhà nước thời gian dài, thường xuyên đăng tải bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng, Nhà nước.
Đây là hành vi đặc biệt nguy hiểm cho xã hội, nếu không được ngăn chặn kịp thời sẽ gây phương hại đến an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội. Hành vi này đã tiếp tay cho các phần tử bất mãn, cơ hội chính trị, làm xói mòn lòng tin của nhân dân đối với Đảng, Nhà nước, gây hoang mang trong dư luận quần chúng, gây chia rẽ mối đoàn kết trong nội bộ Đảng và Nhà nước, cần phải bị xử lý nghiêm minh mới có tác dụng giáo dục, răn đe phòng ngừa chung.
Được biết, ngày 18.11.2019, Cơ quan An ninh điều tra đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Phạm Chí Dũng vào ngày 21.11.2019; đối với Nguyễn Tường Thụy vào ngày 23.5.2020; Lê Hữu Minh Tuấn vào ngày 12.6.2020, để tiến hành điều tra về tội "Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam" (Viện KSND TPHCM đã phê chuẩn).
Ngày 15.10.2020, Cơ quan An ninh điều tra đã có Kết luận điều tra và chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát đề nghị truy tố đối với 3 bị can Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy và Lê Hữu Minh Tuấn, về tội "Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam", quy định tại Điều 117 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.