Trong vụ án sai phạm tại Thuduc House, HĐXX xác định Cục Thuế Hồ Chí Minh là người bị hại khi bị chiếm đoạt hơn 365 tỉ đồng tiền hoàn thuế, còn Thuduc House là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan.
Tại phiên tòa, đại diện Cục Thuế TP Hồ Chí Minh đề nghị HĐXX buộc Thuduc House trả lại hơn 365 tỉ đồng là tiền hoàn thuế bị chiếm đoạt trong vụ án và tiền chậm nộp đến khi hơn 365 tỉ đồng này được nộp vào ngân sách nhà nước.
Phía đại diện Thuduc House sau đó đề nghị HĐXX quyết định trách nhiệm liên đới của các bị cáo trong việc hoàn trả toàn bộ hơn 365 tỉ đồng tiền hoàn thuế bị chiếm đoạt và số tiền chậm nộp phát sinh từ số tiền hoàn thuế đang thực hiện truy thu đối với Thuduc House tạm tính khoảng 91,7 tỉ đồng. Ngoài ra, đề nghị HĐXX trả lại cho Thuduc House hơn 365 tỉ đồng mà Thuduc House đã tạm nộp vào tài khoản tạm giữ của Cục CSĐT tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu - Bộ Công an, để phục vụ yêu cầu điều tra.
Cáo trạng xác định, từ năm 2017 đến năm 2019, Trịnh Tiến Dũng đã chỉ đạo thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ, xuất nhập khẩu hàng hóa. Tại Mỹ, Campuchia, Malaysia và UAE, Dũng đã thành lập, sử dụng 13 pháp nhân để ký các hợp đồng xuất nhập khẩu, giao nhận hàng hóa.
Từ tháng 2.2018 đến tháng 6.2019, Trịnh Tiến Dũng chỉ đạo các thuộc cấp móc nối với các nghi phạm tại Thuduc House lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài để bán hàng hóa linh kiện điện tử cho các đối tác. Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỉ đồng), thuế VAT hàng xuất khẩu bằng 0%.
Để hợp thức hóa đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá trị hơn 4.000 tỉ đồng, trong đó có 10% tiền thuế VAT. Sau đó, công ty này lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TP Hồ Chí Minh đề nghị hoàn thuế VAT hơn 365 tỉ đồng.
Khi tiếp nhận hồ sơ, Cục thuế TP Hồ Chí Minh đã ban hành 17 quyết định hoàn thuế VAT cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 365 tỉ đồng.
Hiện Trịnh Tiến Dũng đang bỏ trốn, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra Quyết định truy nã và Thông báo truy nã quốc tế Interpol đối với đối tượng này, tạm đình chỉ điều tra vụ án đối với kẻ cầm đầu vụ án, khi nào bắt được Trịnh Tiến Dũng sẽ phục hồi điều tra và xử lý.