Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, Công ty AIC được Dương Hoa Xô - cựu Giám đốc Trung tâm Công nghệ sinh học TPHCM thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn TPHCM, tạo điều kiện để tham gia đấu thầu, trúng thầu các gói thầu của dự án 12 phòng thí nghiệm do trung tâm làm chủ đầu tư.
Trong một số gói thầu, AIC đã đồng ý để vài doanh nghiệp tham gia, trong đó có Công ty Cổ phần Công nghệ cao Gene Việt (Công ty Gene Việt) (Công ty Việt Á có 10% vốn tại doanh nghiệp này).
Do mới thành lập, chưa đủ năng lực để tham gia dự thầu nên các thành viên Công ty Gene Việt thống nhất sử dụng pháp nhân Công ty Việt Á đại diện đứng tên liên danh và thực hiện các hoạt động đấu thầu giai đoạn 1 của dự án với Công ty AIC.
Khi đó Phan Quốc Việt đã chỉ đạo cấp dưới là Đồng Sỹ Huy liên hệ với ông Lê Hữu Lễ, Trưởng Phòng kinh doanh và ông Bạch Quốc Chính, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Y dược phẩm Vimedimex đứng tên thay gói thầu số 4, giai đoạn 2.
Phan Quốc Việt sau đó chỉ đạo Đồng Sỹ Huy liên hệ với ông Trần Vinh Vũ, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần tư vấn đầu tư và xây dựng Hồng Hà (Công ty Hồng Hà) để trung tâm chỉ định làm đơn vị tư vấn lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu.
Quá trình đấu thầu, Trần Mạnh Hà - Phó Tổng Giám đốc AIC, Phan Quốc Việt, Đồng Sỹ Huy, Võ Anh Triết đã chỉ đạo nhân viên Công ty Việt Á, Công ty AIC thiết lập các công ty “quân xanh” thuộc nhóm Công ty Gene Việt, Công ty Việt Á - Công ty AIC mua hồ sơ mời thầu và nộp hồ sơ dự thầu để đảm bảo cho liên danh AIC - Việt Á và Công ty Vimedimex trúng thầu 3 gói thầu 2, 3, 4 giai đoạn 1 của dự án. Hậu quả của hành vi thông đồng tại các gói thầu này là gây thiệt hại hơn 61 tỉ đồng của Nhà nước.
Cơ quan công tố xác định, các cá nhân thuộc Công ty Việt Á, Gene Việt gồm Phan Quốc Việt, Nguyễn Xuân Vũ - Chủ tịch Gene Việt, Phạm Hoàng Minh Ly - Tổng Giám đốc Gene Việt, Đồng Sỹ Huy và Võ Anh Triết - cùng là Phó Tổng Giám đốc Việt Á đều thực hiện hành vi có sai phạm.
Tuy nhiên, trong vụ án, do Chủ tịch AIC đã thỏa thuận, thông đồng với chủ đầu tư để AIC thực hiện dự án, nâng giá thiết bị trước khi các doanh nghiệp trên tham gia; lợi nhuận của AIC đã được xác định trước khi tổ chức đấu thầu; Lợi nhuận Gene Việt được hưởng là do mua được giá tốt hơn từ nhà cung cấp so với giá AIC dự kiến mua.
Bên cạnh đó, Phan Quốc Việt đã chủ động cung cấp thông tin về các sai phạm của AIC và chủ đầu tư; Các bị can trên cũng chủ động khai báo, cung cấp thông tin, tài liệu, dữ liệu giúp cơ quan điều tra làm rõ toàn bộ vụ án.
Công ty AIC là doanh nghiệp được hưởng lợi nhiều nhất từ dự án; Gene Việt đã nộp lại toàn bộ số tiền hưởng lợi (gần 3 tỉ đồng); Việt Á bị lỗ không được hưởng lợi gì.
“Do đó cơ quan điều tra không xử lý về hình sự là phù hợp”, cáo trạng nêu.