Trong đó, đề nghị truy tố 4 bị can gồm: Đỗ Hồng Hải (nguyên giám đốc), Đoàn Phi Dũng (nguyên phó giám đốc), Diệp Thụy Khánh Trân (nguyên kế toán trưởng), Nguyễn Văn Minh (giám đốc công ty TNHH thương mại và xây dựng Thành Khánh Quyên) về tội Tham ô tài sản.
Các bị can, Ngô Mạnh (nguyên phó giám đốc), Đỗ Xuân Đoan, Phan Tuấn Nam, Đăng Thanh Xuân, Lương Thành Nam, Nguyễn Văn Tiến là cán bộ, nhân viên công ty bị đề nghị truy tố về tội Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng. Riêng kế toán Phạm Thị Ngọc Phi bị đề nghị truy tối tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.
Qua điều tra PC46 xác định năm 2014-2015, công ty Thủy lợi Nam Khánh Hòa do ông Hải làm giám đốc được giao thực hiện 24 công trình nạo vét, bơm tưới; sửa chữa thường xuyên 49 công trình thủy lợi để chống hạn.
Ông Hải đã chỉ đạo cấp dưới liên kết với Nguyễn Văn Minh làm giả giấy tờ, lập hồ sơ khống, hợp thức hóa hồ sơ, chứng từ để thanh quyết toán hầu hết các công trình với tổng kinh phí gần 8,5 tỉ đồng.
Trong đó, ông Dũng nguyên phó giám đốc Công ty thực hiện xác lập và ký khống các hồ sơ trên. Bà Trân nguyên kế toán trưởng có vai trò thực hiện quyết toán số tiền 24 công trình và chuyển tiền “rút ruột” vào tài khoản ông Minh. Riêng ông Minh là người thực hiện chính việc ký các hợp đồng thi công giả và rút tiền ra do bà Trân chuyển đưa lại cho ông Hải. Với chiêu bài trên, các bị can đã tham ô gần 5 tỷ đồng trong số 8,5 tỷ đồng quyết toán với nhà nước.
Năm 2016, Thanh tra Sở Tài chính Khánh Hòa xác định, Công ty Thủy lợi Nam Khánh Hòa gây thiệt hại đối với Nhà nước hơn 6,3 tỉ đồng. Ngày 30.12.2016, Sở Tài chính Khánh Hòa bàn giao toàn bộ hồ sơ vụ việc những sai phạm xảy ra tại Công ty Thủy lợi Nam Khánh Hòa cho PC46. Ông Hải bị kỉ luật thôi việc và ngày 6.4.2017, PC46 bắt tạm giam ông Đỗ Hồng Hải.
Trước đó, báo Lao Động (số 273-274, ra ngày 21- 22.11.2016) đăng loạt bài điều tra “Giám đốc Công ty thủy lợi nam Khánh Hòa: Chống hạn trên giấy, tham ô tiền tỉ”. Tháng 12.2016, Viện KSND Tối cao ra Thông báo số 435/TB-VKSTC yêu cầu ViệnKSND tỉnh Khánh Hoà kiểm tra, báo cáo về vụ việc báo Lao Động đã nêu trong loạt bài điều tra trên.