Tại tòa, HĐXX cấp phúc thẩm đã tuyên mức án đối với từng bị cáo trong vụ này như sau:
Đối với nhóm bị cáo Công ty Tân Thuận: bị cáo Trần Công Thiện bị tuyên phạt 13 năm tù; tổng hợp với bản trước đó trong vụ SADECO, buộc bị cáo chấp hành hình phạt chung là 26 năm tù. Nguyễn Văn Minh (cựu Chủ tịch HĐTV Công ty Tân Thuận) 8 năm tù; tổng hợp với bản án trước đó, buộc bị cáo chấp hành hình phạt chung là 11 năm tù. 4 bị cáo còn lại là cựu phó tổng giám đốc, kế toán trưởng, kiểm soát viên... bị tuyên mức án từ 2 năm 4 tháng tù đến 5 năm.
Đối với nhóm bị cáo ở Văn phòng Thành ủy TP Hồ Chí Minh: bị cáo Phạm Văn Thông (cựu Phó Chánh Văn phòng Thành ủy) nhận 11 năm tù; tổng hợp với bản án trước đó, buộc bị cáo chấp hành hình phạt chung là 17 năm tù. Huỳnh Phước Long (cựu Trưởng Phòng quản lý đầu tư kinh doanh vốn, Văn phòng Thành ủy) bị tuyên phạt 9 năm tù; tổng hợp với bản án trước đó, buộc bị cáo chấp hành hình phạt chung là 21 năm tù.
Riêng bị cáo Phan Thanh Tân (cựu Phó Chánh Văn phòng Thành ủy) ở giai đoạn xét xử phúc thẩm đã nộp bổ sung số tiền khắc phục hậu quả 3,2 tỉ đồng và có nhiều tình tiết giảm nhẹ khác nên được HĐXX cấp phúc thẩm tuyên mức án 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo.
Đối với kháng nghị của VKSND TP Hồ Chí Minh về việc xác định thời điểm và số tiền thất thoát, HĐXX nhận định cấp sơ thẩm đã xem xét toàn diện, khách quan và căn cứ vào thiệt hại thực tế. Do đó, không có cơ sở để chấp nhận kháng nghị này.
Đối với kháng cáo của Công ty Quốc Cường Gia Lai về việc cho nhận lại số tiền 16,9 tỉ đồng đang bị tạm giữ trong tài khoản của Cơ quan An ninh điều tra Công an TP Hồ Chí Minh, HĐXX cho rằng có cơ sở để chấp nhận và cần trả lại số tiền này cho công ty.
Ngoài ra, HĐXX cho biết kháng cáo về việc xin tiếp tục thực hiện dự án Khu dân cư Ven Sông của Công ty Quốc Cường Gia Lai không thuộc thẩm quyền xem xét. Do đó, HĐXX tiếp tục có kiến nghị giống với bản án sơ thẩm đã nêu đó là giao UBND TP Hồ Chí Minh và các cơ quan có liên quan giải quyết theo quy định về pháp luật đất đai.
Trước đó tại bản án sơ thẩm, HĐXX tuyên phạt bị cáo Tất Thành Cang 6 năm tù tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí". 9 đồng phạm còn lại bị tuyên phạt mức án từ 3-13 năm tù.
Sau phiên sơ thẩm, vụ án có tới 9/10 bị cáo kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt. Riêng bị cáo Tất Thành Cang không kháng cáo.
Công ty Quốc Cường Gia Lai kháng cáo đề nghị cấp phúc thẩm cho nhận lại hơn 16,9 tỉ đồng trong dự án KDC Phước Kiển. Về dự án KDC Ven Sông, Công ty Quốc Cường Gia Lai đề nghị được tiếp nhận phần đất còn lại từ việc chuyển nhượng 45% vốn góp của Công ty TNHH MTV đầu tư và xây dựng Tân Thuận. Từ đó, Công ty Quốc Cường Gia Lai sẽ nộp bổ sung phần chênh lệch giá.
VKSND TP Hồ Chí Minh kháng nghị phúc thẩm một phần bản án sơ thẩm về phần xác định thời điểm thất thoát tài sản Nhà nước là hơn 735 tỉ đồng, chứ không phải hơn 207 tỉ đồng như cấp sơ thẩm tuyên.
Nội dung bản án sơ thẩm thể hiện ông Trần Công Thiện, Tất Thành Cang - cựu Phó bí thư Thường trực Thành ủy TP Hồ Chí Minh và đồng phạm đã chuyển nhượng phần đất đã đền bù tại dự án khu dân cư Phước Kiển và dự án khu dân cư Ven Sông - là tài sản Nhà nước do Công ty Tân Thuận quản lý cho Công ty CP Quốc Cường Gia Lai, mà không thực hiện thẩm định giá, không đảm bảo nguyên tắc thị trường, gây thất thoát hơn 207 tỉ đồng.