Theo đó, Viện KSND Tối cao truy tố 67 bị can về các tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản, Vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới, Sản xuất hàng giả; Buôn lậu; Nhận hối lộ; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng...".
Trong số đó, Viện KSND Tối cao truy tố 18 người là lãnh đạo, cán bộ của Cục thuế TPHCM gồm bà Nguyễn Thị Bích Hạnh - Phó cục trưởng, Phạm Minh Tuấn - cựu Trưởng phòng Kê khai kế toán thuế, Cao Văn Tỵ - Trưởng phòng Thanh tra kiểm tra thuế số 5, Nguyễn Xuân Thắng - Trưởng phòng Kiểm tra nội bộ, Đào Thị Nga - cán bộ Chi cục Thuế Quận 1a...
7 người thuộc Cục hải quan TP HCM bị truy tố gồm Phạm Duy Bình, Hoàng Trung Kiên, Hồ Hoàng Hải, Nguyễn Duy Linh, Trần Văn Thành, Nguyễn Hữu Trên và Nguyễn Lê Hùng.
Theo cáo trạng, từ năm 2017 đến năm 2019, Trịnh Tiến Dũng (đang trốn truy nã) đã chỉ đạo thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ, xuất nhập khẩu hàng hóa.
Tại Mỹ, Campuchia, Malaysia và UAE, Dũng đã thành lập, sử dụng 13 pháp nhân để kí các hợp đồng xuất nhập khẩu, giao nhận hàng hóa.
Từ tháng 2.2018 - 6.2019, Trịnh Tiến Dũng chỉ đạo các thuộc cấp móc nối với các nghi phạm tại Thuduc House để lập, kí 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài để bán hàng hóa linh kiện điện tử cho các đối tác.
Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỉ đồng), thuế giá trị gia tăng hàng xuất khẩu bằng 0%.
Để hợp thức đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá trị hơn 4.000 tỉ đồng, trong đó có 10% tiền thuế giá trị gia tăng. Sau đó, công ty này lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TP HCM đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng hơn 365 tỉ đồng.
Khi tiếp nhận hồ sơ, Cục thuế TPHCM đã ban hành 17 quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 365 tỉ đồng.
Đối với 7 người thuộc Cục hải quan TPHCM, cáo trạng xác định, các bị can là cán bộ công chức hải quan được phân công kiểm tra thực tế hàng hóa tại hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I.
Tuy nhiên, những người này đã không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao dẫn đến việc không phát hiện được 4 lô hàng bị phân luồng "đỏ" khai báo hải quan không trùng khớp so với hàng hóa thực tế.
Tuy nhiên, các cán bộ hải quan vẫn cập nhật thông tin lên hệ thống để thông quan cho các lô hàng và không phát hiện được hành vi buôn lậu của Trịnh Tiến Dũng, Mạc Văn Nguyện và đồng phạm. Toàn bộ số hàng lậu này sau khi dễ dàng thông quan đã được tiêu thụ hết.
Nhà chức trách xác định bị can Mạc Văn Nguyện khai giao cho Mạc Thành Nam - Giám đốc Công ty TNHH tư vấn CAD và Lương Văn Đức làm thủ tục hải quan nhập khẩu 37 lô hàng lậu.
Nguyện chỉ đạo Nam chi tiền bồi dưỡng 200.000-500.000 đồng/tờ khai cho cán bộ hải quan làm nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ. Nếu tờ khai bị kiểm tra thực tế hàng hóa, Nguyện sẽ trực tiếp liên hệ với cán bộ hải quan làm nhiệm vụ kiểm hóa để thống nhất thời gian.
Sau khi kiểm hóa, Nguyện chi trực tiếp từ 2-8 triệu đồng/lô hàng cho cán bộ hải quan làm nhiệm vụ kiểm hóa tại bàn làm việc, số tiền chi tùy theo tỉ lệ kiểm tra thực tế.
Quá trình điều tra, Mạc Thành Nam khai nhận về việc "bôi trơn" cán bộ hải quan. Song các cán bộ hải quan phủ nhận các lời khai trên, cho rằng không nhận bất cứ số tiền nào từ Nam.
Theo cáo trạng, ngoài những lời khai trên thì không có tài liệu khác chứng minh việc đưa, nhận tiền. Do đó, không đủ căn cứ để xem xét trách nhiệm của các công chức hải quan trong việc đưa, nhận tiền.