Theo cáo trạng, ngày 23.3.2017, tàu Hải Thành 26-BLC chở 3.000 tấn clinker từ cảng Hải Phòng đi Cần Thơ. Trên tàu có 11 thuyền viên do ông Nguyễn Viết Thắng (SN 1971, ngụ tỉnh Thái Bình) làm Thuyền trưởng.
Đến khoảng 23h50 phút ngày 27.3, ông Thắng bàn giao ca trực buồng lái cho ông Khôi là sỹ quan boong và thợ máy Ninh Văn Quỳnh. Sau khi nhận ca trực, thợ máy Quỳnh điều khiển tàu, còn ông Khôi làm nhiệm vụ cảnh giới thì phát hiện thấy một tàu (sau này được xác định là tàu Petrolimex 14) đang đi phía trước. Ông Khôi đã sử dụng hệ thống thông tin liên lạc để thông báo hướng đi, còn Quỳnh cầm đèn pin chạy ra mạn phải, chiếu vào tàu mục tiêu để ra hiệu tránh đâm va. Tuy nhiên, không có tín hiệu trả lời từ tàu này.
Sau đó, tàu mục tiêu đã đâm thẳng vào mạn phải của tàu Hải Thành 26, khiến tàu Hải Thành 26 bị chìm cùng với toàn bộ thuyền viên và hàng hoá.
Về phía tàu Petrolimex 14 (của Công ty cổ phần Vận tải xăng dầu VITACO), qua điều tra xác định, khoảng 16h ngày 27.3, tàu do ông Phạm Văn Lộc (Thuyền trưởng) điều khiển, có 24 thuyền viên rời cảng Nhà Bè, TPHCM hành trình đi Quảng Ngãi để lấy hàng. Đến 23h45 phút ngày 27.3, Thuyền phó 2 là Trần Kiên và thuỷ thủ Nguyễn Xuân Sang lên nhận bàn giao ca trực.
Sau khi nhận ca, Kiên chỉ đạo Sang cảnh giới, còn Kiên đi vào buồng hải đồ để làm phúc trình hàng hải. Một lúc sau, thấy có ánh đèn phía bên trái chiếu vào mặt ở khoảng cách gần nên Sang giật mình, điều khiển, chỉnh cho tàu chuyển sang chế độ lái tay và bẻ lái sang phải. Tuy nhiên do mục tiêu quá gần nên tàu không tránh kịp và đã đâm thẳng vào tàu Hải Thành 26-BCL.