Hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải là công trình thủy lợi quan trọng phục vụ hoạt động sản xuất nông nghiệp, công nghiệp và dân sinh của 4 tỉnh thành Hà Nội, Bắc Ninh, Hải Dương, Hưng Yên. Tuy nhiên, hiện nay rất nhiều cụm công nghiệp, làng nghề, cơ sở chăn nuôi đang xả thải trực tiếp ra dòng sông này gây ô nhiễm nguồn nước nghiêm trọng.