Hiện trạng bất thường sau trùng tu của Tháp Khương Mỹ không phải là mới mẻ, mà “Thất đẩu” Bình Định gồm 7 cụm tháp: Bánh Ít, Dương Long, Tháp Đôi, Cánh Tiên…, Tháp Nhạn ở Phú Yên, Hòa Lai ở Bình Thuận, Yang Prông ở Đắk Lắk đều lâm vào tình trạng “trẻ hóa” hoặc lên rêu mốc dày đặc, như cụm Tháp Khương Mỹ sau trùng tu.
Trong quá khứ, cụm Tháp Khương Mỹ đã được đặt vấn đề trùng tu từ cách đây 20 năm. Tháng 10.2003, thoả thuận giữa Bộ Văn hóa Thông tin và UBND tỉnh Quảng Nam phê duyệt dự án “Bảo tồn nhóm tháp Khương Mỹ” với kinh phí dự kiến 6,9 tỉ đồng, do Viện Khoa học công nghệ tiến hành công tác bảo tồn vào đầu năm 2004.
Nội dung chính của dự án bảo tồn nhóm tháp Khương Mỹ gồm nhiều việc, trong đó quan trọng nhất là thực hiện khảo cổ học tìm nền móng nguyên thuỷ, nhằm thu thập các dữ kiện để quyết định phương pháp gia cố; thứ đến sẽ tổ chức chuyển một số vật kiến trúc dân dụng như chùa, nhà ở ra khỏi khu vực tháp và cuối cùng là chỉnh trang khuôn viên, xây dựng nhà trưng bày hiện vật…
Cùng trong thời điểm này, chấn động trong giới trùng tu, khảo cổ một thời là sự kiện đầu năm 2003, Tháp F1 - Khu Di tích Mỹ Sơn được phát lộ từ một núi đất đá trùm kín, sau đó được tiến hành trùng tu. Lớp đất đá vừa bóc dỡ xong, tháp có nguy cơ đổ sập ngay sau đó. Nhóm trùng tu hoảng hốt vội vã đóng lại, sau đó dùng khung thép ràng quanh toàn bộ tháp để chống sập; tiếp theo đặt lên đó một mái che cứu vãn. Từ đó đến nay, không còn ai bàn đến việc trùng tu ngôi tháp này nữa.
Từ sự cố này dẫn đến việc Tháp Khương Mỹ cũng dùng dằng cho đến hôm nay, và sau quá trình trùng tu, với hơn chục tỉ đồng, kết quả nhóm trùng tu để lại hệ lụy, phần chân, cổng tháp được trùng tu theo hướng hoàn nguyên đang bị rêu mốc chỉ sau vài trận mưa đầu mùa. Đây là hiện tượng chưa từng xảy ra với di tích tháp Chăm có niên đại hàng trăm năm tuổi, và dư luận lo lắng rằng nó sẽ hủy hoại tính nguyên bản của di tích.
Trong nhiều năm trước đây, việc trùng tu di tích gạch (tháp Chăm) được chính quyền và ngành văn hóa khu vực miền Trung rất thận trọng, đặc biệt sau sự kiện Tháp Yang Prông (Tháp Rừng Xanh) - ngôi tháp Chăm duy nhất tại khu vực Tây Nguyên bị “trẻ hóa” một cách phi khoa học.
Đặc biệt đối với Quảng Nam, hầu như các tháp Chăm tập trung ở Mỹ Sơn; rải rác ở huyện Thăng Bình- Phật viện Đồng Dương, Tam Kỳ - cụm tháp Khương Mỹ, Điện Bàn - Tháp Bằng An, công cuộc trùng tu “chạm” vào rất nhẹ, với quan điểm trùng tu chủ yếu là chống sập, giữ nguyên trạng.
Đến thời điểm này, Quảng Nam tiếp nhận ít nhất 4 trường phái trùng tu của thế giới gồm: Ý, Nhật, Ấn Độ và Việt Nam. Mỗi quan điểm trùng tu đều khác nhau về phương thức - chống sập bảo tồn nguyên trạng; hay hoàn nguyên di tích bằng vật liệu mới.
Trong một hội thảo bàn về bảo tồn tính nguyên gốc trong trùng tu, tổ chức tại Hội An, Cục Bảo tồn bảo tàng nhận định, tình trạng mất tính nguyên bản sau khi trùng tu đang phổ biến hiện nay trên các di tích. Hội nghị kêu gọi, dù trùng tu với trường phái nào thì việc tính chân xác vẫn phải được tôn trọng; hơn hết, di tích phải trường tồn mãi cho thế hệ sau.