Các nguyên nhân thường gặp là:

Phản ứng do bản chất của vaccine: Là phản ứng của từng cá thể đối với các thành phần vốn có trong vaccine, ngay cả trong trường hợp vaccine được sản xuất, bảo quản, vận chuyển và chỉ định tiêm chủng đúng tiêu chuẩn.

Tác dụng của vaccine là kích thích hệ thống miễn dịch tạo ra miễn dịch chủ động phòng bệnh. Hầu hết các phản ứng thông thường như phản ứng tại chỗ, sốt là một phần của đáp ứng miễn dịch sau khi tiêm vaccine.

Một số vaccine có thành phần như muối nhôm, xác vi sinh vật, chất bảo quản… cũng có thể gây ra một số phản ứng tại chỗ hoặc toàn thân, nhưng rất hiếm gặp những phản ứng nghiêm trọng sau tiêm do bản chất của vaccine.

Phản ứng liên quan tới chất lượng vaccine: Các phản ứng xảy ra có thể do một số vấn đề trong quá trình sản xuất vaccine. Hiện rất hiếm gặp các phản ứng sau tiêm chủng do vấn đề chất lượng vaccine vì quy trình sản xuất và kiểm định đều được thực hiện, giám sát chặt chẽ.

Phản ứng liên quan tới sai sót trong thực hành tiêm chủng: Là các lỗi gây ra trong khi chuẩn bị tiêm chủng như không khám phân loại, kiểm tra tiền sử dị ứng với các yếu tố khác… Ngoài ra, việc chuẩn bị, vận chuyển và bảo quản vaccine không đúng; tiêm chủng không đảm bảo vô khuẩn, tiêm chủng sai vị trí, sai kỹ thuật… cũng có thể gặp, tuy nhiên các khâu tổ chức và giám sát quá trình tiêm chủng tốt nên rất hiếm xảy ra.

Phản ứng liên quan đến tâm lý, sự lo lắng, sợ kim tiêm khi tiêm chủng: Thường là ngất xỉu, nhức đầu, chóng mặt, cảm giác tê xung quanh miệng và tay, đôi khi nhầm lẫn với dị ứng, nôn, ngưng thở trong thời gian ngắn. Những phản ứng này là do lo sợ khi tiêm chủng, cần làm tốt tư vấn tâm lý trước tiêm chủng cho mọi người dân.

Phản ứng trùng hợp ngẫu nhiên: Là những phản ứng gây ra bởi bệnh lý sẵn có ở người được tiêm như suy thận, tăng huyết áp, hạ đường máu. Khi tiêm vaccine trong lúc trẻ đang bị bệnh nhiễm trùng, bệnh bẩm sinh tiềm tàng hoặc biểu hiện thần kinh dễ bị quy do tiêm chủng. Thực tế, có thể tiêm chủng trở thành yếu tố làm dễ đối với những bệnh nền này, cho nên cần thăm khám và sàng lọc đầy đủ khi chỉ định tiêm chủng cho những đối tượng này..

Phản ứng sau tiêm không rõ nguyên nhân: Thường không xác định được nguyên nhân. Có thể là do vấn đề cơ địa của người được tiêm nên rất khó để biết ai bị, ai không. Nhà sản xuất, WHO đều đưa ra những khuyến cáo và tỷ lệ xảy ra tai biến nặng sau tiêm thấp dưới khuyến cáo là không bất thường. Chúng ta phải chấp nhận một sự thật khoa học đó, thế giới cũng chấp nhận như vậy. Cộng đồng vẫn phải chấp nhận tiêm vì biết nguy cơ tai biến là rất ít.