Các tác dụng phụ của sữa ong chúa, mặc dù cực kỳ hiếm, nhưng rất nghiêm trọng. Tuy nhiên, khi biết cách sử dụng và để ý liều lượng dùng, các tác dụng phụ tiềm ẩn có thể hoàn toàn tránh được. 

Các tác dụng phụ này bao gồm: chàm, phát ban, ho, chóng mặt, tăng nhịp tim,...Tác dụng phụ của sữa ong chúa chủ yếu bao gồm các khía cạnh sau:

Đối với người dị ứng: Những người này có thể phản ứng với một số chất có trong sữa ong chúa và gặp các triệu chứng dị ứng như hen suyễn, khó thở, phát ban, ngứa da,... 

Đối với bệnh nhân bị tụt huyết áp: Sữa ong chúa có chứa các chất tương tự như acetylcholine, có thể làm giảm huyết áp, có thể khiến bệnh nhân bị tụt huyết áp nặng hơn. 

Đối với bệnh tiêu chảy, đau bụng và rối loạn tiêu hóa: Sữa ong chúa có thể gây co bóp mạnh đường tiêu hóa nên sẽ làm trầm trọng thêm các triệu chứng ban đầu. 

Đối với người béo phì: Sữa ong chúa có thể tăng cường khả năng điều chỉnh bên trong cơ thể, làm cho người béo phì ăn ngủ được, tăng cân, dễ mắc các bệnh khác. 

Đối với bệnh nhân tiểu đường: Sữa ong chúa chứa nhiều đường glucose có thể làm tăng đường huyết sau khi uống. 

Đối với bệnh nhân bị sốt, ho ra máu và vàng da: Sau khi uống sữa ong chúa, tình trạng bệnh sẽ không lành và thậm chí có thể nặng hơn.