Theo đó, Thanh tra Chính phủ sẽ thanh tra trách nhiệm của Bộ Y tế và các đơn vị trực thuộc liên quan trong việc thực hiện quy định về tự chủ theo các Nghị định 43/2006/NĐ-CP; Nghị định 16/2015/NĐ-CP của Chính phủ; Việc quản lý đầu tư xây dựng 2 bệnh viện trọng điểm theo Đề án 125; BV Nhi đồng TP.HCM, BV 175 Bộ Quốc phòng.

Cũng theo Thanh tra Chính phủ, đoàn thanh tra sẽ tiến hành thanh tra trách nhiệm của Bộ Y tế và các đơn vị trực thuộc trong thời gian từ năm 2013-2016; Khi cần thiết có thể xem xét trước hoặc sau thời kỳ trên. Thời gian thanh tra là 70 ngày. Đoàn thanh tra do ông Phan Thanh Long - Phó vụ trưởng Vụ 3 (Tổng thanh tra Chính phủ) -  làm trưởng đoàn.

Phía Thanh tra Chính phủ yêu cầu Bộ Y tế báo cáo bằng văn bản một số nội dung liên quan để phục vụ công tác thanh tra như việc phối hợp với Bộ Nội vụ, Bộ Tài chính… hướng dẫn thực hiện quyền tự chủ, chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tự chủ về tài chính đối với các đơn vị sự nghiệ thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Y tế; Việc quản lý, giao dự toán, thanh toán, quyết toán, thanh tra, kiểm tra các đơn vị sự nghiệp thuộc thẩm quyền, trách nhiệm của Bộ Y tế; Việc quản lý đầu tư xây dựng mới 5 BV tuyến Trung ương và tuyến cuối đặt tại TP.HCM được phê duyệt theo Quyết định số 125/QĐ-TTg ngày 16.1.2014 của Thủ tướng Chính phủ với 2 dự án mới Bv Nhi đồng TP.HCM và Viện chấn thương chỉnh hình – BV 175.

Liên quan đến việc, cấp phép nhập khẩu, cấp đăng ký thuốc ở Cục Quản lý Dược của Bộ Y tế, cụ thể là vụ việc tại VN Pharma theo tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc vào ngày 7.9 vừa qua, đại diện Thanh tra Chính phủ cho biết, sẽ thành lập một đoàn độc lập, không liên quan đến quyết định thanh tra lần này.