Theo đó, toàn bộ đơn thuốc đã kê của các cơ sở thực hiện thí điểm đều đã được gửi lên Đơn thuốc điện tử quốc gia và các cấp quản lý; các cơ sở cũng cũng nhận được đơn thuốc qua hệ thống điện tử và tiến hành bán thuốc theo đơn. 

Kê đơn thuốc điện tử sẽ khắc phục tình trạng tái bán các loại thuốc chỉ được bán khi có đơn, đặc biệt là kháng sinh và thuốc kiểm soát đặc biệt; thống kê, tổng hợp, phân tích việc kê đơn nhằm truy xuất nguồn gốc và trách nhiệm từng tổ chức, cá nhân trong trường hợp vi phạm và hỗ trợ công tác thanh kiểm tra. 

Đồng thời, trên cơ sở dữ liệu của kho đơn thuốc có thể tạo ra báo cáo đánh giá đúng về hiện trạng sức khỏe của người dân cũng như các hướng dẫn chẩn đoán và điều trị của Bộ Y tế, đưa tới dự báo tình hình, xu hướng bệnh tật, nhu cầu sử dụng thuốc của nhân dân trong hệ thống khám chữa bệnh. 

Với phần mềm này, người dân sẽ mua thuốc ở bất kỳ đâu trên lãnh thổ Việt Nam mà đảm bảo có đơn thuốc (bằng mã đơn của chính mình), hoặc có thể truy xuất được bác sĩ đã kê đơn của mình, từ đó có thể kiến nghị phản hồi hoặc xin tái kê đơn. 

Người dân cũng được cảnh báo về các loại thuốc phải tái kê đơn, thuốc kháng sinh, các loại thuốc cấm khác và được cảnh báo về các đơn thuốc quá hạn, cần phải tái khám…