Tối 16.5, Schooling cùng 3 đồng đội Jonathan Tan, Maximillian và Quah Zheng Wen đã về nhất nội dung tiếp sức 4x100m hỗn hợp với thành tích 3 phút 37 giây 69, để giành huy chương vàng SEA Games 31. Tuyển bơi Việt Nam với Hoàng Quý Phước, Lê Nguyễn Paul, Phạm Thanh Bảo và Jeremie Lương đoạt huy chương bạc với thành tích 3 phút 39 giây 76. Còn tuyển Thái Lan đoạt huy chương đồng.

Tấm huy chương vàng nội dung tiếp sức 4x100m hỗn hợp giúp Schooling cùng đồng đội có thể quên đi sự cố hôm 14.5. Ở nội dung 4x100m tự do khi đó, tuyển Singapore ban đầu về nhất với thành tích 3 phút 17 giây 19, xếp trên Malaysia và Việt Nam. Schooling cùng đồng đội vui mừng khi duy trì vị trí thống trị của Singapore ở nội dung này.

Tuy nhiên, sau đó ban tổ chức thông báo tuyển Singapore và Malaysia đều bị hủy bỏ thành tích do phạm quy. Với đội tuyển Singapore, người mắc lỗi không ai khác là Schooling. Anh rời bục xuất phát khi tay của người đồng đội đang bơi dưới nước chưa chạm vào thành bể.

Theo đồng hồ của ban tổ chức, Schooling đã xuất phát sớm 0,04 giây. Đây vốn là một lỗi rất thường gặp trong các nội dung tiếp sức của môn bơi. Rất đáng tiếc nó lại rơi vào một kình ngư dày dạn kinh nghiệm và có đẳng cấp rất cao như Schooling.

Tuyển Malaysia cũng bị loại vì lỗi tương tự. Nhờ đó, tuyển Việt Nam từ hạng 3 đã được đôn lên nhận huy chương vàng với thành tích 3 phút 21 giây 81, tuyển Indonesia nhận huy chương bạc (3 phút 24 giây 09) và Thái Lan nhận huy chương đồng (3 phút 24 giây 28).

Ngoài tấm huy chương vàng đồng đội, trong tối 16.5 Joseph Schooling còn giành 1 huy chương vàng cá nhân nội dung sở trường 100m bơi bướm. Anh về nhất với thành tích 52 giây 22, xếp trên người đồng đội Quah Zheng Wen (52 giây 86) và Navaphat của Thái Lan (52 giây 98).