Vấn đề này đã gây ra nhiều tranh cãi. Bởi theo danh sách đăng ký ban đầu, Lâm Quang Nhật, Nguyễn Huy Hoàng là 2 VĐV được chọn thi đấu nội dung này ở SEA Games. Tuy nhiên, sau giải thế giới 2017, với thành tích tốt hơn, Nguyễn Hữu Kim Sơn lại là cái tên được chấm. Ban huấn luyện đội tuyển bơi quốc gia tỏ ra bối rối khi không biết chọn ai và bỏ ai ở nội dung 1.500 m

Đầu tiên, phương án đưa ra là dựa vào thành tích thực tế của 3 VĐV này để so sánh. Do thành tích kém hơn, Quang Nhật và Huy Hoàng sẽ phải đấu loại để so kết quả. Nếu họ có thành tích tốt hơn Kim Sơn (15 phút 29 giây 90) thì nghiễm nhiên có 2 suất như đăng ký, không cần bổ sung hay thay thế. Trong trường hợp thành tích không bằng, nếu ai có kết quả tốt hơn thì sẽ được chọn.

Phương án này không được đồng ý, do đó cả Nhật và Hoàng đều không tham dự buổi thi loại dự kiến diễn ra vào ngày 6.8. Thế nên quyết định cuối cùng được ban huấn  luyện đưa ra, cả Quang Nhật, Huy Hoàng và Kim Sơn đều phải thi đấu. Trận đấu để phân định cao thấp lấy 2 suất dự SEA Games này được ấn định tổ chức vào ngày 8.8.

Chiều 7.8, là thành phần đoàn thăm Trung tâm huấn luyện thể thao Quốc gia Hà Nội cùng với Bộ trưởng Bộ VHTTDL Nguyễn Ngọc Thiện, ông Trần Đức Phấn – Trưởng đoàn TTVN tại SEA Games 29 đã giải đáp vấn đề đang được chú ý này. Ông cho biết: “Về nguyên tắc, những vận động viên có trình độ chuyên môn cao sẽ được lựa chọn để thi đấu tại SEA Games 29. Giai đoạn tập huấn trước tháng 5, ban huấn luyện cùng với Liên đoàn bơi lộ đã xem xét rất kỹ 3 VĐV này và đưa ra đánh giá VĐV Kim Sơn có chiều hướng phát triển thành tích tốt.

Theo đề nghị của ban huấn luyện đã đăng ký cho Quang Nhật và Huy Hoàng dự SEA Games 29. Tuy nhiên, trong quá trình chuẩn bị lực lượng, phải chờ vào kết quả của đợt tập luyện để đưa ra đánh giá. Về mặt chuyên môn, có thay VĐV cũng không thể khẳng  định có huy chương. Về nguyên tắc, VĐV nào có khả năng giành huy chương cao sẽ được dự SEA Games.

Ở giải vô địch thế giới 2017, VĐV Nguyễn Hữu Kim Sơn đã thi đấu vòng loại cư ly 1500m  với thành tích 15 phút 29 giây 90. Dù không vào chung kết nhưng Kim Sơn đã vượt kỷ lục SEA Games 15 phút 31 giây 03 của Lâm Quang Nhật, và kỷ lục quốc gia 15 phút 30 giây 11 của kình ngư Nguyễn Huy Hoàng. Như vậy ban huấn  luyện và phía Liên đoàn bơi lội đã căn cứ thực chất vào chuyên môn để tiến hành lựa chọn VĐV.

Thực tế, ở hai môn điền kinh và bơi lội, chúng ta có thể định lượng về thành tích. Vì thế chúng ta có cơ sở để đánh giá khả năng của các VĐV giành huy chương. Trên nguyên tắc chuyên môn, chúng tôi giao cho ban huấn luyên đội tuyển bơi đánh giá việc này. Sau khi họp xong ban huấn luyện đã đề xuất phương án cho 3 VĐV kiểm tra để chọn ra VĐV dự SEA games. Bởi chúng ta không thể lựa chọn theo cảm tính được. Chỉ các HLV mới là những người theo sát và biết rõ nhất các VĐV của mình”.

Như vậy, cuộc thi đấu vẫn sẽ diễn ra. Lâm Quang Nhật đã tuyên bố với báo chí anh thà bỏ SEA Games chứ không chịu thi đấu để được chọn. Tuy nhiên, lãnh đạo ngành TDTT cho biết vẫn chưa nhận được thông báo xin rút của Quang Nhật. Nếu không thi đấu, chắc chắn VĐV này sẽ bị loại khỏi danh sách dự SEA Games 29.