2 năm sau kỳ SEA Games ở Malaysia 1989, thể thao Việt Nam tham dự Đại hội Thể thao Đông Nam Á thứ 16 được tổ chức tại Manila, Philippines với sự tăng trưởng cả về lượng và chất. Đoàn gồm với 100 vận động viên, dưới sự dẫn dắt của các ông Đoàn Thao, Nguyễn Văn Trọng và Bùi Huy Cường.

Kết quả, sau 10 ngày thi đấu, số huy chương đoàn thể thao Việt Nam giành được vượt qua thành tích của SEA Games 15 là 10 huy chương (29), trong đó có 7 huy chương vàng. Ở Manila, các xạ thủ như Đặng Thị Đông, Ngô Ngân Hà, Nguyễn Quốc Cường vẫn là những lá cờ đầu của thể thao Việt Nam, khi cùng các đồng đội mang về 4 tấm huy chương vàng. Họ còn phá 2 kỷ lục SEA Games và 1 kỷ lục châu Á ở môn Bắn súng.

Nhưng bên cạnh đó, thể thao Việt Nam cũng lần đầu tiên chứng kiến những tấm huy chương vàng ở các môn khác. Đó là chức vô địch Bóng bàn đồng đội nữ của 2 tay vợt Trần Thu Hà và Nhan Vị Quân. 2 tay vợt Việt Nam thắng tuyệt đối ở vòng bảng, lần lượt vượt qua các đối thủ Singapore, Malaysia, Myanmar cùng tỉ số 3-0, giành quyền vào bán kết. Tại đó, Thu Hà và Vị Quân thắng tiếp cặp của Thái Lan 3-0, trước khi trải qua trận chung kết với đối thủ Indonesia rất mạnh và giành chiến thắng 4-1.

2 huy chương vàng còn lại thuộc về các môn võ, là Judo hạng dưới 48 kg nữ của Cao Ngọc Phương Trinh và Trần Quang Hạ ở hạng 58kg nam môn Taekwondo.

SEA Games 1991 đó, bóng đá Việt Nam góp mặt lần đầu tiên, nhưng với câu chuyện lùm xùm liên quan đến nhân sự từ thời điểm tập trung (11 cầu thủ bỏ về vì điều kiện ăn ở, sân bãi kém, không được lãnh đạo quan tâm), nên tuyển Việt Nam chỉ có kết quả hòa 1, thua 2 và bị loại với vị trí cuối bảng B.

Tuy có 7 huy chương vàng nhưng thể thao Việt Nam vẫn chưa cải thiện được vị trí toàn đoàn vẫn xếp thứ 7 chung cuộc (chỉ hơn Brunei và Lào – 2 quốc gia không giành huy chương vàng nào). Indonesia xếp số 1 với 92 huy chương vàng, trong khi chủ nhà Philippines đứng thứ 2 (91) và Thái Lan đứng thứ 3 (72).

Bảng thành tích của thể thao Việt Nam tại SEA Games 1991