Thay mặt cơ quan thẩm tra, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội Nguyễn Khắc Định đưa ra 3 phương án về mô hình tổ chức bộ máy chính quyền địa phương tại đơn vị HCKTĐB.
Theo đó, phương án 1 (thực hiện thiết chế Trưởng Đơn vị HCKTĐB). Phương án này có ưu điểm: Bảo đảm tinh gọn bộ máy, đáp ứng yêu cầu quản lý tập trung, năng động, linh hoạt, điều hành nhanh nhạy; xác định rõ và đề cao trách nhiệm cá nhân người đứng đầu, khắc phục được tình trạng “núp bóng” tập thể để né tránh trách nhiệm; có tính đột phá mạnh mẽ, đáp ứng yêu cầu của Hội nghị Trung ương 5 (khóa XII) về xây dựng các đơn vị HCKTĐB với “thể chế vượt trội”, nhằm “thử nghiệm đổi mới, hoàn thiện tổ chức bộ máy thuộc hệ thống chính trị”.
Các hạn chế chủ yếu của phương án 1 là: Không bảo đảm quyền đại diện của nhân dân, nguyên tắc nhân dân lập ra chính quyền, cơ quan quyền lực bầu cơ quan hành chính; dễ dẫn đến nguy cơ lạm quyền do chính quyền được tổ chức “đặc biệt”, tập trung vào một cá nhân, được phân quyền, phân cấp rất lớn nhưng thiếu cơ chế giám sát của cơ quan đại diện dân cử cùng cấp, không bảo đảm cơ chế kiểm soát quyền lực “vượt trội” tương xứng, hiệu quả.
Phương án 2 (chính quyền đơn vị HCKTĐB gồm có Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân tương tự như ở các đơn vị hành chính hiện nay).
Còn phương án 3 (kết hợp các ưu điểm, khắc phục các nhược điểm của phương án 1 và phương án 2). Theo phương án này, chính quyền địa phương ở đơn vị HCKTĐB là cấp chính quyền địa phương gồm có Hội đồng nhân dân đơn vị HCKTĐB (gọi tắt là Hội đồng đặc khu) và Ủy ban nhân dân đơn vị HCKTĐB (gọi tắt là Ủy ban đặc khu) được tổ chức tinh gọn, chỉ quyết định một số vấn đề quan trọng, mang tính định hướng lớn, còn chủ yếu tập trung phân quyền, phân cấp thẩm quyền quản lý, điều hành ở đơn vị HCKTĐB cho Chủ tịch Ủy ban đặc khu.
Theo Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội Nguyễn Khắc Định, trên cơ sở kết quả thảo luận, Thường trực Ủy ban Pháp luật đã biểu quyết về từng phương án tổ chức bộ máy chính quyền địa phương ở đơn vị HCKTĐB. Kết quả có 3/12 thành viên tán thành phương án 1; Không có thành viên nào tán thành phương án 2; và 9/12 thành viên tán thành phương án 3.