Nghị quyết thông qua tổng số thu cân đối ngân sách nhà nước là 1.407.572 tỉ đồng, tổng số chi cân đối ngân sách nhà nước là 1.574.448 tỉ đồng. Bội chi ngân sách nhà nước là 248.728 tỉ đồng, nguồn bù đắp bội chi ngân sách nhà nước gồm: Vay trong nước 197.165 tỉ đồng; vay ngoài nước 51.563 tỉ đồng.
Nghị quyết giao Chính phủ công khai quyết toán ngân sách nhà nước năm 2016 theo đúng quy định của pháp luật, chỉ đạo các cơ quan trung ương, địa phương, đơn vị kịp thời khắc phục những tồn tại, hạn chế và nghiên cứu, thực hiện các đề xuất được nêu trong Báo cáo thẩm tra số 1024/BC-UBTCNS14 ngày 18.5.2018 của Ủy ban Tài chính, Ngân sách của Quốc hội, kết luận, kiến nghị của Kiểm toán nhà nước và ý kiến của đại biểu Quốc hội tại kỳ họp thứ 5, Quốc hội khóa XIV về quyết toán ngân sách nhà nước năm 2016, chỉ đạo các bộ, ngành, UBND các cấp khẩn trương rà soát, phê duyệt quyết toán các dự án sử dụng vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước đã hoàn thành.
Đồng thời có biện pháp khẩn trương chấn chỉnh kỷ cương, kỷ luật trong quản lý, sử dụng vốn đầu tư công; khắc phục triệt để, không để tiếp diễn tình trạng tồn đọng các dự án đầu tư công hoàn thành, chậm phê duyệt quyết toán, Hướng dẫn, kiểm tra HĐND các cấp trong việc tổ chức thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn về phê chuẩn báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước của cấp mình theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước năm 2015.
Trước đó, trình báo cáo tiếp thu, giải trình của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội về quyết toán ngân sách nhà nước năm 2016, Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển nêu ra những tồn tại, hạn chế mà các ĐBQH đã chỉ ra và đề nghị Chính phủ cần quan tâm chỉ đạo, khắc phục.
Theo đó, một số ý kiến cho rằng, cơ cấu chi ngân sách chưa phù hợp, chi thường xuyên vẫn còn cao, chi đầu tư tăng chậm, chi đầu tư còn nhiều hạn chế, phân bổ vốn đầu tư còn bất cập, bố trí vốn cho địa phương chậm, tỷ lệ giải ngân thấp, chậm quyết toán đối với dự án hoàn thành, quản lý vốn ODA còn bất cập.
Một số ý kiến cho rằng, vẫn còn tình trạng chi ngân sách nhà nước sai chế độ, định mức, không đúng mục đích, một số khoản chi quan trọng không đạt dự toán. Bên cạnh đó, kinh phí chi cho lĩnh vực môi trường, ứng phó với biến đổi khí hậu, thực hiện chính sách dân tộc miền núi còn hạn hẹp. Số chi chuyển nguồn còn lớn, năm sau cao hơn năm trước, làm giảm hiệu quả sử dụng ngân sách nhà nước.
Các ý kiến cho rằng, chất lượng công tác lập và giao dự toán thu ngân sách nhà nước còn hạn chế, một số khoản thu vượt dự toán lớn song cũng có những khoản thu không đạt dự toán; cơ cấu nguồn thu chưa bền vững; ngành thuế, hải quan đã triển khai nhiều đợt thanh tra, kiểm tra song tình trạng kê khai thiếu doanh thu, nợ đọng thuế còn lớn, trốn thuế vẫn diễn ra. Có ý kiến cho rằng, việc hoàn thuế GTGT chưa được xử lý kịp thời số tiền 1.077 tỷ đồng làm tăng bội chi ngân sách nhà nước, tỷ lệ bội chi ngân sách/GDP năm 2016 cao hơn tỷ lệ Quốc hội cho phép, ảnh hưởng đến nợ công.
Về cơ chế tự chủ tài chính, có ý kiến cho rằng, việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập còn chậm và hình thức và đây là một trong những nguyên nhân làm tăng chi thường xuyên năm 2016.