Theo đó, Ban Thường vụ Đảng ủy Khối Đại học, Cao đẳng thành phố đã quyết định cách tất cả chức vụ trong Đảng đối với ông Lê Vinh Danh, Bí thư Đảng ủy nhiệm kỳ 2015-2020, Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng. Cảnh cáo tập thể Đảng uỷ Trường ĐH Tôn Đức Thắng vì đã có những vi phạm trong việc buông lỏng lãnh đạo trong thực hiện quy chế làm việc, chỉ đạo, kiểm tra giám sát… trong thực hiện nhiệm vụ chính trị của trường.
Kết quả kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm cho thấy, Đảng ủy Trường Tôn Đức Thắng nhiệm kỳ 2015-2020 có những khuyết điểm, vi phạm, không thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ theo Quy định số 97-QĐ/TW, ngày 22 tháng 3 năm 2004 của Ban Bí thư về chức năng, nhiệm vụ của đảng bộ, chi bộ cơ sở trong các đơn vị sự nghiệp (trường học, bệnh viện,…) và quy chế làm việc của Đảng ủy Trường nhiệm kỳ 2015-2020.
Cùng với đó là buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện nhiệm vụ chính trị, nhất là những vấn đề quan trọng có ảnh hưởng lớn đến định hướng phát triển, hoạt động của Trường và công tác cán bộ; buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, để lãnh đạo trường vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ; để một số đồng chí đảng viên, cán bộ chủ chốt của trường có những phát biểu không đúng, thiếu chuẩn mực, phản đối, làm ảnh hưởng nghiêm trọng uy tín của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Đơn vị không thực hiện nghiêm nguyên tắc tự phê bình và phê bình, còn nể nang, né tránh, ngại va chạm, thấy đúng không bảo vệ, thấy sai không đấu tranh dẫn đến các khuyết điểm, vi phạm kéo dài.
Đối với những khuyết điểm, vi phạm nêu trên của Đảng ủy trường, đồng chí Lê Vinh Danh với vai trò là Bí thư Đảng ủy, phụ trách công tác tổ chức cán bộ là người chịu trách nhiệm cao nhất và trực tiếp.