Tổng cục Khí tượng Thủy văn là tổ chức trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường; có nhiệm vụ và quyền hạn quản lý các hoạt động quan trắc, điều tra, khảo sát khí tượng thủy văn; quản lý, hướng dẫn hoạt động khí tượng thủy văn đối với các công trình phải quan trắc và cung cấp thông tin, dữ liệu khí tượng thủy văn theo quy định của pháp luật.

Bên cạnh đó, thẩm định nội dung về khí tượng thủy văn trong quy hoạch, thiết kế các công trình, dự án đầu tư xây dựng trọng điểm quốc gia và trong quy hoạch, thiết kế các công trình, dự án đầu tư xây dựng theo quy định của pháp luật; thẩm định các dự án xây dựng, cải tạo, nâng cấp công trình khí tượng thủy văn của Bộ Tài nguyên và Môi trường theo phân công của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường.

Xây dựng, quản lý, khai thác mạng lưới trạm khí tượng thủy văn quốc gia; tổ chức thực hiện các hoạt động quan trắc, điều tra, khảo sát khí tượng thủy văn;

Về dự báo, cảnh báo và truyền phát tin dự báo, cảnh báo thiên tai, không bao gồm thiên tai cháy rừng do tự nhiên, Tổng cục Khí tượng Thủy văn quản lý các hoạt động dự báo, cảnh báo, truyền phát tin khí tượng thủy văn, thiên tai khí tượng thủy văn và cấp độ rủi ro thiên tai; hướng dẫn việc cung cấp, sử dụng thông tin dự báo, cảnh báo khí tượng thủy văn, thiên tai khí tượng thủy văn theo quy định của pháp luật;

Kiểm tra, giám sát, đánh giá chất lượng dự báo, cảnh báo, truyền phát tin khí tượng thủy văn, thiên tai khí tượng thủy văn và cấp độ rủi ro thiên tai theo quy định của pháp luật;

Tổ chức thẩm định các kịch bản cảnh báo sóng thần đối với Việt Nam theo phân công của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường;

Xây dựng, quản lý, khai thác hệ thống dự báo, cảnh báo khí tượng thủy văn quốc gia; tổ chức thực hiện các hoạt động dự báo, cảnh báo, truyền phát tin khí tượng thủy văn, thiên tai khí tượng thủy văn và cấp độ rủi ro thiên tai; phân vùng rủi ro thiên tai; dự báo, đánh giá khí hậu, thủy văn, hải văn, tiềm năng gió, mặt trời, sóng, thủy điện phục vụ chỉ đạo, điều hành, khai thác, sản xuất năng lượng không tái tạo và tái tạo theo quy định của pháp luật;

Tổ chức xây dựng, thẩm định, trình Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường công bố bộ chuẩn khí hậu quốc gia, đánh giá khí hậu quốc gia; xây dựng và triển khai Khung dịch vụ khí hậu quốc gia cho Việt Nam trên cơ sở Khung dịch vụ khí hậu toàn cầu...

Cơ cấu tổ chức Tổng cục Khí tượng Thủy văn gồm:

1, Vụ Quản lý dự báo khí tượng thủy văn.

2, Vụ Quản lý mạng lưới khí tượng thủy văn.

3, Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.

4, Vụ Kế hoạch - Tài chính.

5, Vụ Tổ chức cán bộ.

6, Văn phòng Tổng cục.

7, Trung tâm Mạng lưới khí tượng thủy văn quốc gia.

8, Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia.

9, Trung tâm Thông tin và Dữ liệu khí tượng thủy văn.

10, Trung tâm Công nghệ khí tượng thủy văn.

11, Trung tâm Hải văn.

12, Liên đoàn Khảo sát khí tượng thủy văn.

13, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Miền núi phía Bắc.

14, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Đồng bằng và Trung du Bắc Bộ.

15, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Bắc Trung Bộ.

16, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Trung Trung Bộ.

17, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Trung Bộ.

18, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Bộ.

19, Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Nguyên.

Các tổ chức quy định từ (1) đến (6) nêu trên là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Khí tượng Thủy văn thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ (7) đến (19) là các đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Tổng cục.

Văn phòng Tổng cục Khí tượng Thủy văn có 3 phòng.

Tổng cục Khí tượng Thủy văn có Tổng cục trưởng và không quá 4 Phó Tổng cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định của pháp luật.

Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15.6.2023 thay thế Quyết định số 03/2018/QĐ-TTg ngày 23.1.2018 của Thủ tướng Chính phủ.