Tại hội đàm, hai Thủ tướng nhất trí tăng cường trao đổi đoàn các cấp, nhất là đoàn cấp cao cũng như giữa các ngành, các địa phương hai nước.
Hai bên nhất trí sẽ phối hợp chặt chẽ để tổ chức kỷ niệm 70 năm thiết lập quan hệ ngoại giao Việt Nam – Cộng hòa Czech (1950-2020) với những hoạt động mang ý nghĩa thiết thực.
Hai Thủ tướng đánh giá hợp tác kinh tế - thương mại - đầu tư giữa Việt Nam và Czech phát triển năng động, nhưng chưa tương xứng với tiềm năng và mong muốn của hai bên.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Andrej Babis thống nhất cần tiếp tục triển khai hiệu quả cơ chế Ủy ban liên Chính phủ về hợp tác kinh tế Việt Nam – Czech, thúc đẩy hợp tác trên các lĩnh vực an ninh quốc phòng, công nghệ, khai khoáng, du lịch, khuyến khích và tạo điều kiện cho doanh nghiệp hai nước kết nối đối tác, tìm hiểu thị trường, nhất là trong các lĩnh vực mà hai bên có thế mạnh và nhu cầu, như xây dựng cơ sở hạ tầng, phương tiện vận tải công cộng, chế tạo máy móc nông nghiệp, thuỷ tinh - pha lê, bia...
Thủ tướng Andrej Babis bày tỏ vui mừng và tin tưởng việc sớm mở đường bay thẳng Hà Nội – Praha sẽ góp phần thúc đẩy quan hệ thương mại, đầu tư và du lịch giữa hai nước.
Bên cạnh các vấn đề song phương, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Andrej Babis cũng trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm. Thủ tướng Andrej Babis khẳng định Czech ủng hộ Việt Nam ứng cử làm Ủy viên không thường trực Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc nhiệm kỳ 2020-2021.
Hai Thủ tướng nhấn mạnh tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, ổn định, thúc đẩy an ninh, an toàn, tự do hàng hải và hàng không ở Biển Đông, giải quyết tranh chấp bằng biện pháp hòa bình, phù hợp với luật pháp quốc tế, đặc biệt là Hiến chương Liên Hợp Quốc và Công ước của Liên Hợp Quốc về Luật Biển năm 1982 (UNCLOS).
Nhân dịp này, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã mời Thủ tướng Czech thăm chính thức Việt Nam. Thủ tướng Andrej Babis vui vẻ nhận lời và khẳng định sẽ sớm thu xếp thăm Việt Nam vào năm 2020 nhân dịp kỷ niệm 70 năm thiết lập quan hệ ngoại giao giữa hai nước.
Sau hội đàm, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Andrej Babis đã chứng kiến lễ ký Bản ghi nhớ về hợp tác trong lĩnh vực địa chất khoáng sản giữa Tổng cục Địa chất và Khoáng sản (Bộ Tài nguyên và Môi trường Việt Nam) với Tổng cục Địa chất và Khoáng sản (Bộ Môi trường Cộng hòa Czech); Bản ghi nhớ về hợp tác trong lĩnh vực tiêu chuẩn đo lường và chất lượng giữa Tổng cục Tiêu chuẩn đo lường và chất lượng Bộ Khoa học Công nghệ Việt Nam với Văn phòng Tiêu chuẩn, Đo lường và Thử nghiệm Cộng hòa Czech.
Sau lễ ký, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Andrej Babis đã có họp báo chung thông tin về kết quả hội đàm.