Hiện Chính phủ trình hai phương án. Theo phương án 1, không tổ chức HĐND và UBND mà thực hiện thiết chế Trưởng Đơn vị HCKTĐB do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, được phân quyền, phân cấp mạnh, có thẩm quyền quyết định và tổ chức thực hiện toàn bộ các hoạt động hành chính, kinh tế - xã hội trên địa bàn đơn vị HCKTĐB. Chính phủ đề xuất lựa chọn phương án này.

Phương án 2 là vẫn tổ chức chính quyền địa phương đơn vị HCKTĐB gồm có HĐND và UBND. 

Nhìn chung, nhiều ý kiến phát biểu tại Hội trường đều thiên về phương án 1 và cho rằng phương án này thể hiện được tính “đặc biệt” về tổ chức bộ máy chính quyền địa phương tại đơn vị HCKTĐB, đáp ứng yêu cầu thử nghiệm đổi mới. Tuy nhiên, loại ý kiến này đề nghị cân nhắc thêm để làm rõ hơn cơ chế thực hiện giám sát đối với Trưởng Đơn vị HCKTĐB bảo đảm hiệu lực, hiệu quả, tránh tình trạng lạm dụng quyền lực.

Đại biểu Lưu Thành Công (Vĩnh Long) cho rằng đây là mô hình mới, bên cạnh việc giao Trưởng đặc khu nhiều thẩm quyền quan trọng, cần phải có cơ chế giám sát quyền lực, để tự đề cao trách nhiệm cá nhân đảm bảo tính năng động, sáng tạo trong công tác quản lý nhưng không dẫn đến lạm quyền. 

Giơ biển tranh luận, đại biểu Ngọ Duy Hiểu (Hà Nội) bày tỏ ủng hộ quan điểm tổ chức mô hình chính quyền đảm bảo hiệu lực, hiệu quả nhưng không bỏ qua nguyên tắc kiểm soát quyền lực. 

“Tôi không đồng tình cả hai phương án, vì một phương án bỏ qua nguyên tắc giám sát, một phương án thì quay lại tổ chức mô hình có HĐND như truyền thống” – ông Hiểu nêu quan điểm và đề nghị có Hội đồng đặc khu với hai cách tổ chức.

Theo đó, Hội đồng được tổ chức thuần tuý gồm các chuyên gia trên các lĩnh vực như kinh tế, văn hoá, quốc phòng... do Ủy ban thường vụ Quốc hội bổ nhiệm, tham gia vào Hội đồng thực hiện chức năng giám sát, khuyến nghị. 

Cách thứ hai, trong Hội đồng có cả thành viên là các chuyên gia và một bộ phận do dân bầu để kết hợp cả giám sát và khuyến nghị với Trưởng đơn vị HCKTĐB khi người này có nhiều thẩm quyền, có thể quyết định được rất nhiều vấn đề rất quan trọng.