Trong lúc đương chức Viện trưởng Viện KSND tỉnh Gia Lai, ông Quân có những dấu hiệu sai phạm liên quan đến một vụ án Lừa đảo chiếm đoạt tài sản. Vì vậy, Tỉnh ủy Gia Lai đã lập đoàn kiểm tra, xác minh nội dung vụ việc.
Theo đó, ông Quân bị kiểm tra vì tự quyết định không dân chủ, chỉ đạo theo ý chí cá nhân khi đình chỉ vụ án lừa đảo hơn 15 tỉ đồng đối với bị can Lê Thị Tường Vân mà không được sự đồng tình của đa số thành viên của Ủy ban Kiểm sát (UBKS) Viện KSND tỉnh Gia Lai.
Ông Nguyễn Văn Quân đã không chỉ đạo củng cố chứng cứ, không thực hiện đầy đủ trách nhiệm chứng minh phạm tội theo quy định; không xem xét toàn diện quan điểm luận tội mà có biểu hiện áp đặt, không tiếp thu quan điểm ý kiến tham gia của các thành viên UBKS, cũng như các cơ quan tiến hành tố tụng của tỉnh; cố ý đình chỉ miễn trách nhiệm hình sự đối với bị can Lê Thị Tường Vân là không đúng quy định.
Theo hồ sơ vụ án, vào năm 2019, bà Lê Thị Tường Vân vay của Nguyễn Thị Phượng Tường (52 tuổi, trú P.Yên Đỗ, TP Pleiku) 4,8 tỉ đồng, Huỳnh Thị Thúy Vân (54 tuổi, trú P.Hội Thương,TP Pleiku) 4,6 tỉ đồng và 5,85 tỉ đồng của bà Hồ Thị Xuân Dung (35 tuổi, trú P.Tây Sơn, TP Pleiku). Tổng số tiền bà Vân vay là 15,25 tỉ đồng. Tất cả những lần vay tiền đều có giấy viết tay vay nợ.
Sau đó, bà Vân không trả tiền cho những người vay nợ. Công an tỉnh Gia Lai điều tra, khẳng định hành vi của bà Lê Thị Tường Vân là nhằm Lừa đảo chiếm đoạt tài sản. Ý thức gian dối nhằm chiếm đoạt tài sản được thể hiện ở việc tẩu tán tài sản. Bà Vân làm hợp đồng tặng 2 căn nhà cho bố mẹ, sang nhượng xe máy SH và ôtô cho em rể. Qua lời khai, bà Vân cũng thừa nhận có nợ tổng số tiền 15,25 tỉ đồng của 3 bị hại.
Tuy nhiên, trong lúc đương chức Viện trưởng Viện KSND tỉnh Gia Lai, ông Quân đã ra quyết định đình chỉ vụ án. Sau đó, các cơ quan tố tụng của tỉnh Gia Lai mới phục hồi vụ án xử lý lại từ đầu. Tháng 5.2020, phiên tòa sơ thẩm lần 3, TAND tỉnh Gia Lai tuyên Lê Thị Tường Vân 13 năm tù về tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản.
Được biết, đây là vụ án được dư luận quan tâm, sau khi Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng vào cuộc và và vụ án cũng nằm trong diện theo dõi của Ban Nội chính Trung ương.