Về mô hình tổ chức chính quyền địa phương của đặc khu, quy định của dự thảo Luật đã được chỉnh lý gồm có HĐND và UBND, vừa bảo đảm phù hợp với quy định của Hiến pháp về nguyên tắc tổ chức chính quyền địa phương, vừa có những đổi mới cơ bản về cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm, đáp ứng yêu cầu tinh gọn, hoạt động hiệu lực và hiệu quả, xử lý công việc nhanh nhạy gắn với cơ chế giám sát, kiểm soát quyền lực hiệu quả, công khai minh bạch.

Cụ thể, về tổ chức bộ máy chính quyền địa phương ở đặc khu, HĐND đặc khu có không quá 15 đại biểu, trong đó đa số đại biểu HĐND hoạt động chuyên trách; không tổ chức Thường trực HĐND và các ban của HĐND; HĐND đặc khu có Chủ tịch và 01 Phó Chủ tịch HĐND; kết quả bầu Chủ tịch HĐND đặc khu phải được UBTVQH phê chuẩn.

UBND đặc khu bao gồm chủ tịch, 2 phó chủ tịch; chủ tịch và phó chủ tịch UBND đặc khu không nhất thiết là đại biểu HĐND đặc khu; chủ tịch UBND đặc khu do HĐND đặc khu bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm theo giới thiệu của chủ tịch UBND cấp tỉnh, được Thủ tướng Chính phủ phê chuẩn.

Bộ máy giúp việc của HĐND, UBND gồm văn phòng giúp việc chung HĐND và UBND, các cơ quan chuyên môn thuộc UBND đặc khu (không quá 07 cơ quan) và trung tâm hành chính công đặc khu.

Về nhiệm vụ, quyền hạn, HĐND đặc khu chỉ quyết định một số vấn đề về nhân sự chủ chốt, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội, ngân sách đặc khu, chủ trương đầu tư và thu hồi đất, biện pháp tổ chức đời sống dân cư và thực hiện chức năng giám sát. UBND đặc khu có trách nhiệm xây dựng để trình HĐND quyết định các vấn đề quan trọng của đặc khu; quyết định một số vấn đề về tổ chức thi hành Hiến pháp, pháp luật. Chủ tịch UBND đặc khu thực hiện hầu hết các thẩm quyền về quản lý, điều hành phát triển kinh tế - xã hội tại đặc khu, được phân quyền mạnh, đặc biệt là trong lĩnh vực kinh tế với nhiều thẩm quyền của các cơ quan nhà nước cấp trên.