Tại hội nghị, Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe, Thủ tướng Campuchia Hun Sen, Thủ tướng Lào Thongloun Sisoulith, Cố vấn Nhà nước Myanmar Aung San Suu Kyi, Thủ tướng Thái Lan Prayut Chan-o-cha và Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ghi nhận, sau 10 năm hình thành, hợp tác Mekong - Nhật Bản đã đạt được nhiều thành tựu theo định hướng được đề ra là xây dựng một tiểu vùng hòa bình và ổn định lâu dài; phát triển kinh tế, đóng góp tích cực cho hội nhập ASEAN.

Các lãnh đạo đã quyết định nâng cấp hợp tác giữa các nước Mekong và Nhật Bản lên Quan hệ đối tác chiến lược. Theo đó, phương hướng hợp tác trong thời gian tới sẽ tập trung vào ba trụ cột chính: Kết nối sống động và hiệu quả; Xã hội lấy người dân làm trung tâm và Hiện thực hóa một Mekong xanh. Các trụ cột kết nối linh hoạt và hiệu quả sẽ đẩy mạnh hơn sự kết nối hệ thống cơ sở hạ tầng khác nhau theo tiêu chuẩn quốc tế.

Kết thúc Hội nghị, các nhà Lãnh đạo đã thông qua Chiến lược Tokyo 2018 cho hợp tác giai đoạn 2019 - 2021 cùng ba phụ lục danh sách các dự án phối hợp giữa hợp tác Mekong - Nhật Bản với các chương trình/khuôn khổ hợp tác phát triển toàn cầu và khu vực.

Phát biểu tại Hội nghị, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc nhấn mạnh vai trò và đóng góp của hợp tác Mekong - Nhật Bản đối với thực hiện Tầm nhìn Cộng đồng ASEAN, bảo đảm hòa bình, ổn định và phát triển khu vực. Các dự án hợp tác Mekong - Nhật Bản đã giúp đem lại sự thay đổi đáng kể về cơ sở hạ tầng, phát triển nguồn nhân lực, bảo vệ môi trường tại các nước Mekong. Thủ tướng cũng khẳng định cam kết của Việt Nam tiếp tục phối hợp chặt chẽ cùng Nhật Bản và các nước Mekong thúc đẩy hợp tác thành công hơn nữa.

Về phương hướng hợp tác giai đoạn tiếp theo, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc nêu bật một số ưu tiên bao gồm: Thúc đẩy kết nối giao thông, bao gồm cao tốc Vientiane - Hà Nội, giao thông đường thủy giữa Việt Nam - Campuchia; và kết nối năng lượng nội khối Mekong như hợp tác hiện nay giữa Việt Nam, Lào, Campuchia cũng như giữa khu vực Mekong với các nước bên ngoài; Cải thiện kết nối hạ tầng mềm, ưu tiên xây dựng và thực hiện các hiệp định, cơ chế phối hợp về tạo thuận lợi cho giao thông, thương mại và kết nối số giữa các nước thành viên; Thúc đẩy kết nối công nghiệp, ưu tiên phát triển các ngành công nghiệp hỗ trợ; Tăng cường kết nối con người…

Đối với vấn đề Biển Đông, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc ghi nhận một số tiến triển tích cực trong trao đổi thương lượng nhưng bày tỏ quan ngại về thực tế còn diễn biến phức tạp ở Biển Đông. Thủ tướng nêu rõ tính cấp thiết của việc bảo đảm hoà bình, ổn định, an ninh, an toàn và tự do hàng hải, hàng không ở Biển Đông, kêu gọi tuân thủ Công ước Luật Biển năm 1982 của Liên Hợp Quốc, thực hiện đầy đủ và hiệu quả Tuyên bố về ứng xử trên Biển Đông (DOC) và sớm hoàn tất Bộ quy tắc ứng xử COC có hiệu lực và hiệu quả.