Điều này thể hiện ở hàng loạt cải cách mà ông đã thực hiện: Trình Quốc hội ban hành Luật Doanh nghiệp năm 1999 và tự bảo vệ trước Bộ Chính trị, Quốc hội, coi như một “cuộc cách mạng lớn” tước bỏ quyền lực của Chủ tịch UBND các tỉnh với cốt lõi xuyên suốt: Người dân được quyền làm những việc mà Nhà nước không cấm. Tư tưởng tiến bộ này của ông đã tạo đà cho sự ra đời và phát triển mạnh mẽ của kinh tế tư nhân. Ông cũng là người đã lập Tổ công tác của Chính phủ về triển khai Luật Doanh nghiệp và giảm các giấy phép con. Ông cũng là người trình Dự thảo Luật về Thương mại song phương Việt Nam - Mỹ (BTA) ký chính thức năm 2001; là nhà lãnh đạo đầu tiên của Việt Nam sang thăm Hoa Kỳ, gặp Tổng thống Bush năm 2005 mở ra triển vọng hợp tác mới giữa Việt Nam và Mỹ… Theo TS Trần Du Lịch, ông là người khởi tạo và thúc đẩy tư tưởng về phát triển thị trường và hội nhập.

Theo chuyên gia kinh tế Lê Đăng Doanh - nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu Quản lý Kinh tế Trung ương - Bộ Kế hoạch và Đầu tư, nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải nhậm chức tháng 9.1997 khi cuộc khủng hoảng tài chính Châu Á đang gây tác động lớn đến các nền kinh tế Thái Lan, Hàn Quốc… làm giảm nguồn vốn đầu tư nước ngoài. Thủ tướng Phan Văn Khải đã chỉ đạo bảo đảm ổn định tài chính - tiền tệ, tạo điều kiện cho nền kinh tế Việt Nam cơ bản ổn định và tiếp tục tăng trưởng, tuy ở mức thấp. Dấu ấn đậm nét tại thời điểm này, là nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải và đã trình ra Quốc hội Luật Doanh nghiệp 1999 và tổ chức thực hiện, giải phóng kinh tế tư nhân, phát huy sự năng động sáng tạo của người dân và cải cách bộ máy nhà nước.

Đây là bước cải tiến mạnh mẽ, nếu trước đó, phải cần chủ tịch tỉnh, thành phố xét duyệt và ký mới thành lập được doanh nghiệp tư nhân thì theo Luật Doanh nghiệp 1999, công dân có quyền đăng ký hoạt động kinh doanh trong tất cả những ngành nghề mà pháp luật không cấm. Nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải cũng đã ký bãi bỏ 268 giấy phép con, giảm đáng kể các thủ tục phiền hà không cần thiết, cắt giảm chi phí về thời gian và tiền bạc đối với doanh nghiệp. Bước đột phá đó đã góp phần tạo việc làm cho người dân, nâng cao tăng trưởng của nền kinh tế.

Nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải cũng đi đầu trong việc trực tiếp gặp doanh nghiệp, lắng nghe ý kiến và đối thoại với doanh nghiệp, tăng thêm niềm tin của doanh nghiệp vào Chính phủ. Có thể nói rằng, nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải đã thúc đẩy quá trình hội nhập quốc tế của Việt Nam, là nguyên Thủ tướng Việt Nam đầu tiên chính thức gặp Tổng thống Mỹ Bill Clinton năm 2000 tại Auckland, New Zealand, chủ trương ký kết Hiệp định Thương mại song phương Việt Nam - Hoa kỳ năm 2001 và chính thức thăm Hoa Kỳ năm 2006.

Theo GS-TS Nguyễn Minh Thuyết - nguyên Phó Chủ nhiệm Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội, nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải đã chèo lái thành công, đưa con thuyền kinh tế Việt Nam vượt qua sóng gió và tiếp tục phát triển. Việc xây dựng Tập đoàn kinh tế Nhà nước thời kỳ nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải được tính toán rất kỹ và mới chỉ cho thí điểm chứ không mở rộng. Vì thế, đã tránh được nhiều rủi ro cho kinh tế chung, kinh tế Nhà nước.

Bà Tôn Nữ Thị Ninh - nguyên Phó Chủ nhiệm Ủy ban Đối ngoại của Quốc hội - cũng bày tỏ sự tôn kính về ông: Nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải là thế hệ lãnh đạo đầu tiên được đào tạo bài bản về kinh tế của nước ta. Ông là người hướng ngoại, có tư tưởng cởi mở, tiến bộ.

Còn ông Trần Xuân Giá - nguyên Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư - khẳng định: Nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải là người có phong cách lãnh đạo giản dị nhưng hiệu quả, những ý kiến, tư tưởng đổi mới mang tính đột phá của ông đã tạo đà cho kinh tế phát triển.