Phạm vi lập quy hoạch dự kiến được xác định trên cơ sở khu vực bảo vệ I của di tích theo Quyết định số 548/QĐ-TTg ngày 10.2.2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt, diện tích 5,433ha, bao gồm 3 khu vực: Khu Nội tự, Vườn Giám và Hồ Văn.

Nội dung nhiệm vụ quy hoạch chủ yếu là xác định yêu cầu nghiên cứu, khảo sát, đánh giá hiện trạng di tích. Trong đó,  Thủ tướng yêu cầu khảo sát, điều tra, sưu tầm tài liệu, tổng hợp các dữ liệu, số liệu về lịch sử, văn hóa của di tích; chụp ảnh, vẽ ghi, phân tích đánh giá kiến trúc của các công trình; khảo sát đo đạc địa hình tỉ lệ 1/500 phạm vi quy hoạch; tình trạng kỹ thuật của các hạng mục công trình tại di tích; khảo sát các di sản văn hóa phi vật thể, di sản tư liệu gắn với di tích.

Bên cạnh đó, khảo sát hiện trạng và đánh giá hiệu quả công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di tích; tình hình đầu tư các dự án bảo tồn, tu bổ các di tích trong giai đoạn trước đây, các dự án hỗ trợ phát huy giá trị di tích...

Đánh giá hiện trạng sử dụng đất, cơ sở hạ tầng kỹ thuật khu vực quy hoạch; hiện trạng kiến trúc, xây dựng đối với các công trình trong khu vực nghiên cứu, đặc biệt kiến trúc mặt tiền của các phố Nguyễn Thái Học, Văn Miếu, Quốc Tử Giám và Tôn Đức Thắng bao quanh khu di tích; khảo sát hệ thống giao thông và những áp lực đô thị lên di tích, nhận diện những nguy cơ xung đột giữa phát triển đô thị và bảo tồn di tích.

Nội dung nhiệm vụ quy hoạch chủ yếu cũng cần đề xuất giải pháp phát huy các giá trị văn hóa phi vật thể và hệ thống bia Văn Miếu - Quốc Tử Giám.

Đề xuất phải định hướng phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch bền vững, trong đó, định hướng tổ chức sự kiện tại Văn Miếu - Quốc Tử Giám, tuyến du lịch kết nối di tích với các địa danh du lịch trọng điểm khác của Hà Nội.

Cùng với đó, Thủ tướng yêu cầu có đề xuất giải pháp kiểm soát và điều tiết lượng khách du lịch để không ảnh hưởng tới việc bảo tồn di tích và các hoạt động kinh tế - xã hội của khu vực xung quanh di tích.