Mục tiêu tổng quát của Chương trình tìm kiếm nguồn nước dưới đất tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước để cung cấp nước sinh hoạt, tạo điều kiện nâng cao đời sống nhân dân, đặc biệt là vùng đồng bào dân tộc thiểu số.

Chương trình đặt mục tiêu cụ thể là tìm kiếm các nguồn nước dưới đất có trữ lượng, chất lượng phù hợp, đáp ứng yêu cầu cung cấp nước phục vụ sinh hoạt ở các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước; đề xuất được các giải pháp khoa học, công nghệ và chính sách nhằm quản lý, bảo vệ nguồn nước dưới đất, xử lý và cấp nước sạch thích ứng với điều kiện vùng núi cao, vùng khan hiếm nước; xây dựng được các công trình cấp nước phù hợp với điều kiện ở các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước, đảm bảo cung cấp nước sinh hoạt bền vững, an toàn cho nhân dân.

Chương trình thực hiện tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước trên địa bàn 41 tỉnh với số vùng được điều tra, đánh giá là 325 vùng, gồm:

Khu vực Bắc Bộ (15 tỉnh), Khu vực Bắc Trung Bộ (5 tỉnh), Khu vực Nam Trung Bộ Khu vực Tây Nguyên (4 tỉnh), Khu vực Nam Bộ (10 tỉnh).

Chương trình bao gồm 3 dự án thành phần: Dự án 1- Điều tra, tìm kiếm nguồn nước dưới đất tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước; Dự án 2 - Nghiên cứu các giải pháp khoa học, công nghệ và chính sách nhằm quản lý, bảo vệ nguồn nước dưới đất, xử lý và cấp nước sạch thích ứng với điều kiện vùng núi cao, vùng khan hiếm nước; Dự án 3- Xây dựng hệ thống cấp nước tại các vùng núi cao, vùng khan hiếm nước.

Thời gian thực hiện Chương trình từ năm 2015 đến năm 2023, chia làm 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 (từ năm 2015 đến năm 2020), giai đoạn 2 (từ năm 2020 đến năm 2023).