Năm 2023, điểm chuẩn Học viện Kỹ thuật Mật mã dao động từ 25 - 26,2 điểm với từng cơ sở đào tạo. Tại phân hiệu Hà Nội, ngành Công nghệ thông tin có mức điểm cao nhất với 26,2 điểm. Ngành Kỹ thuật điện tử - Viễn thông thấp nhất 25 điểm. Thang điểm 25 cũng áp dụng đối với ngành An toàn thông tin tại phân hiệu thành phố Hồ Chí Minh.

Trước đó năm 2022, mức 26,6 điểm là thang điểm chuẩn cao nhất trúng tuyển vào học viện, áp dụng đối với ngành Công nghệ thông tin tại cơ sở Hà Nội. Ngành An toàn thông tin tại phân hiệu thành phố Hồ Chí Minh có mức điểm thấp nhất là 24,75 điểm.

Năm 2024, nhà trường tuyển 640 chỉ tiêu tại hai cơ sở giảng dạy bằng phương thức sử dụng kết quả kỳ thi THPT Quốc gia năm 2024. Điểm xét tuyển là tổng điểm của một trong ba tổ hợp môn xét tuyển: A00, A01 và D90.

Học viện cũng xét tuyển thẳng đối với thí sinh đoạt giải nhất, nhì, ba trong kỳ thi chọn học sinh giỏi Quốc gia và đã tốt nghiệp Trung học phổ thông. Trong đó, môn được giải là Toán/Tin học hoặc giải thưởng sáng tạo về khoa học công nghệ cấp Quốc gia.