Cho đến thời điểm này, sau gần 30 năm bảo tồn, hầu hết các nhóm tháp tại Mỹ Sơn đều được trùng tu theo nhiều trường phái Ba Lan, Ý, Ấn Độ, Việt Nam. Tuy còn nhiều tranh cãi về phương pháp hoàn nguyên hay chống sập… nhưng điều lớn nhất nhận thấy được là Di sản Mỹ Sơn đã sạch, đẹp, ngăn nắp về cảnh quan cũng như thể hiện sự vững chãi.
Phía Nam, bằng nguồn ngân sách địa phương và Trung ương, giao thông đã được tiến hành cải tạo từ thị trấn Nam Phước; phía Bắc cầu Giao Thủy đi qua huyện Đại Lộc vào khu vực di tích rộng rãi, thuận lợi, rút ngắn được khá nhiều thời gian di chuyển, vì vậy Di sản thế giới ngày càng đón nhiều du khách đến than quan.
Trong khu vực trọng yếu của di sản, Ban quản lý đã tổ chức quy hoạch, sắp xếp cảnh quan hợp lý; du khách được đón tiếp chu đáo, niềm nở... Có thể nói so với vài năm trước đây, Mỹ Sơn đã mang một khuôn mặt hoàn toàn mới. Hơn nữa, phương tiện cơ giới đưa khách vào tham quan di tích đã được thay bằng hàng chục ôtô điện, tiện nghi, tạo cảm giác thích thú cho du khách, đồng thời bảo đảm được sự tinh sạch của môi trường.
Theo thống kê, năm 2023, lượng khách du lịch đến Mỹ Sơn ước đạt trên 360.000 lượt, trong đó khách quốc tế là trên 315.000 lượt, tăng hơn 300% so với năm 2022.
Thế nhưng lượng du khách hiện khá lớn đang đặt cho di tích Mỹ Sơn một vấn nạn. Tổng số tháp và các bệ thờ của Mỹ Sơn hiện còn 70 kiến trúc đều trong tình trạng phế tích. Do không lập hàng rào bảo vệ chung quanh kiến trúc, như thường thấy ở nhiều nơi khác, nên khách tham quan có thể nằm, ngồi, đi lại chụp ảnh thoải mái trên các bức tường bằng gạch hoặc bệ thờ bằng sa thạch của tháp. Thậm chí trong quá trình tôn tạo trước đây, các nhà bảo tồn đã sử dụng gạch tháp cổ làm đường đi, gây ra sự hủy hoại vật liệu cổ khó lòng khắc phục được trong tương lai.
Cho đến nay ảnh hưởng do tình trạng du khách được phép tiếp cận trực tiếp với di tích chưa được khảo sát, đánh giá, nhưng rõ ràng với mật độ hàng trăm nghìn khách hằng năm đến thăm di sản, dự báo không mang lại điều tốt đẹp cho các hiện vật là hàng chục phế tích cổ còn sót lại tại đây.
Để có thể bảo vệ được các đền thờ (vốn đã bị hư hại nặng nề), nhưng không cản trở các hoạt động du lịch tại Mỹ Sơn, nên chăng Ban Quản lý, ngành Văn hóa Quảng Nam, cùng với việc giáo dục hướng dẫn viên, cần tạo khoảng cách giữa con người và hiện vật, đồng thời mở các lối di quanh từng tháp, lát đá để du khách tiện việc chiêm ngưỡng, mà di tích cũng đỡ bị xâm phạm hơn.