Hội thảo quốc tế về Hội An tháng 7.1985, trong tham luận về "Người Nhật ở Hội An" có điểm tên những thương gia Nhật Bản đã kết hôn với phụ nữ là cư dân Hội An như­: Ông Heizaburo lấy bà Nguyễn Thị Chức; ông Shurikan lấy bà Đỗ Thị Mặn; ông Achiko lấy bà Cụ Thị Chủng, ông Kadoya lấy bà Nguyễn Thị Nụ; ông Heizaemon lấy bà Nguyễn Thị Nở...

Và có hai trường hợp đã theo chồng về quê, để lại nhiều dấu ấn trên vùng đất mới. Đó là công nữ Nguyễn Thị Ngọc Khoa (con chúa Nguyễn Phúc Nguyên), lập gia đình với ông Araki Sutaro và độc đáo nhất trong đó có một người Nhật, gốc Hoa tên là Ngụy Cửu Sử, cưới bà Võ Thị Nghi, đưa về Nhật sau năm 1636, khi Mạc phủ Tokigawa ban hành lệnh bế môn tỏa cảng, buộc tất cả người Nhật bôn ba ở Hải ngoại phải về nước.

Thương nhân Sutaro, âm là Mộc Thôn Tông Thái Lang. Dòng họ này rất giàu có và đã sang Hội An rất sớm, bằng cớ còn lưu lại là một bức thư ngắn, bằng chữ nôm gởi cho Chúa Nguyễn. Mộc Thôn là chủ một chiếc tàu riêng. Ông đến và cư trú tại Hội An để làm ăn và gây nhiều cảm tình mật thiết với Chúa Nguyễn Phước Nguyên.

Thời gian này ông được Chúa Nguyễn tin cậy, giao cho nhiều trọng trách ở Hội An. Vào năm 1619, Chúa Nguyễn lập cho ông một tờ thư xác nhận ông đã tự nguyện ở “dưới gối”, tức là làm chức quan trung thành với chúa. Sau đó Chúa cho ông lấy họ Nguyễn tên Đại Lương, cự danh Hiển Hùng. Chúa cũng mưu sự giao thông lâu dài, tốt đẹp với Nhật Bản nên gả con gái là Ngọc Khoa cho ông.

Vì có lệnh gọi người Nhật về Trường Kỳ (Nagasaki) thời kỳ cấm đạo Thiên Chúa gắt gao, hai vợ chồng phải về Nhật và ở lại luôn bên ấy. Bà Công Nữ (sau đương nhiên trở thành công chúa khi Chúa Nguyễn được các đời kế tiếp tôn đế hiệu) này đã chết ở bên Nhật, thờ tại đền Daiongi ở Trường Kỳ. Tên Nhật của bà là Anio, con gái là Yasu.

Người Nhật cho đến nay vẫn còn rất mến mộ bà, và ghi vào lịch sử tộc họ trong vùng những câu chuyện hay như truyền thuyết về bà. Trong một quyển sách du lịch của Nhật, còn thấy hình những long thuyền lớn để kỷ niệm bà, trên đó có một cô gái Nhật đang múa. Người Nhật bảo long thuyền ấy và điệu múa kia do bà Anio mang từ xứ sở Đại Việt sang dạy cho người Nhật.

Mối tình thứ hai là câu chuyện kỳ bí của Nguỵ Cửu Sử (1618 -1684) và bà Võ Thị Nghị.

Nguỵ Cửu Sử buôn bán tại Hội An trong thời kỳ này dưới danh nghĩa người Nhật, nhưng gốc gác lại là một Hoa kiều, sinh ở Phước Châu, Trung Quốc.

Năm 1653 một mình trốn qua Trường Kỳ, Nhật Bản, ông ở với người anh làm nghề buôn bán. Năm 1654, anh chết, Sử sang Hội An, cưới vợ là Võ Thị Nghị chuyên buôn bán giữa người Nhật và Quảng Nam.

Theo lịch sử ghi lại, vào thời ấy, người Hoa, cũng như người Nhật đều cố lấy vợ là người địa phương để vui gia đình khi xa nhà, đồng thời tiện giao thiệp với dân bản địa.

Theo lời kể của Nhà Quảng Nam học Nguyễn Văn Xuân, Sử cùng sự giúp sức của người vợ Hội An, không buôn bán thẳng với người Quảng Nam (xứ Đàng Trong) mà ông có giao thiệp thâm tình với Chúa Hiền Nguyễn Phước Tần. Năm 1666, sau lệnh cấm vận ra nước ngoài của Mạc Phủ, tuy đã cùng vợ con sang Nhật từ 1666, ông vẫn cùng Chúa Nguyễn thư từ qua lại và mua giúp Chúa Nguyễn những hàng hoá cần thiết và cho Chúa mắc nợ lâu dài.

Điều thú vị là ở Trường Kỳ còn giữ được một bức thư trong dòng họ Cự Lộc (họ Nguỵ đổi sang họ này khi Cửu Sử gia nhập dân Nhật) của Thế Tử Điển, công tử của Chúa Hiền, gởi cho Nguỵ Cửu Sử xin vay 5.000 lượng bạc để mua sắm khí giới, chuẩn bị chiến tranh với Đàng Ngoài.

Về sau, cả hai vợ chồng Nguỵ Cửu Sử đều không trở lại Quảng Nam, và mất ở Trường Kỳ Nhật Bản. Vì không phải con Vua, cháu Chúa nên sự tích về cặp vợ chồng Ngụy Cửu Sử ít được nhắc nhở tới như vợ chồng Mộc Thôn Tông Thái Lang (Sutaro).

Qua những quan hệ mang tính giềng mối gia đình Việt-Nhật được lưu lại trong lịch sử, cho thấy những năm thế kỷ 15-17, với sự cởi mở của các Chúa Nguyễn, nhằm biến Xứ Đàng Trong thành một cứ địa có bản chất một khu “kinh tế mở”, cạnh tranh ảnh hưởng với Đàng Ngoài, do Chúa Trịnh bao quát. Và Hội An là một địa điểm duy nhất được chọn thu hút “đầu tư” nước ngoài, dành ảnh hưởng với Phố Hiến ở Đàng Ngoài.

Việt sử xứ Đàng Trong của Phan Khoan (Nhà xuất bản Khai Trí - 1970) nhận xét: Nguyên nhân cho một Hội An phồn thịnh trong lịch sử đó là chính sách của các Chúa Nguyễn ở Nam - Hà, đi đôi với việc khai khẩn đất đai phương Nam, đã đồng thời mở rộng cửa tiếp xúc với các nước khác, Á cũng như Âu, giao thiệp buôn bán với họ để thu dụng những tài năng, phẩm vật và những gì mới lạ về khoa học, kỹ thuật.

Nhiều năm qua, Chính phủ Nhật bản và Việt Nam tổ chức thường niên Liên hoan văn hoá Việt Nam - Nhật Bản với nhiều nội dung phong phú. Vì vậy điều không hề ngẫu nhiên khi các tổ chức Nhật Bản như Trường đại học Chiêu Hoà, JICA, Trung tâm phát triển nguồn nhân lực (VJCC)... khá quan tâm đến Hội An qua các hoạt động giao lưu văn hoá, hỗ trợ trùng tu cho đến hợp tác nghiên cứu, phát triển kinh tế-văn hoá... Du khách Nhật đến Việt Nam, hiếm ai không tìm đến Hội An. Trong đó với nhiều người đến Hội An còn như một sự trở về.