Theo đó, thay vì 2 phương án đưa ra trước đây, Tổng cục Đường bộ Việt Nam vừa đề xuất 5 phương án xử lý bất cập tại trạm thu phí T2 trên Quốc lộ 91 đoạn Km14+000-Km50+889 theo hình thức hợp đồng BOT. Đồng thời kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải chủ trì làm việc với Ngân hàng Nhà nước, Ngân hàng Thương mại cổ phần Công thương Việt Nam cho nhà đầu tư điều chỉnh lại cơ cấu trả nợ gốc và giữ nguyên nhóm nợ cho nhà đầu tư.
Cụ thể: Phương án 1 sẽ không thu phí trạm T2 đến khi tuyến tránh thành phố Long Xuyên đi vào hoạt động sẽ tổ chức thu phí trở lại. Sẽ giải quyết căn bản kiến nghị của Hiệp hội vận tải An Giang và các chủ phương tiện lưu thông theo hướng đi từ Quốc lộ 80 (hướng từ tỉnh Kiên Giang, Đồng Tháp) qua trạm thu phí T2 về tỉnh An Giang và ngược lại.
Tuy nhiên, trong thời gian không tổ chức thu phí tại trạm thu phí T2, đợi tuyến tránh thành phố Long Xuyên hoàn thành mới tổ chức thu phí lại, sẽ ảnh hưởng tới dòng tiền hoàn vốn và kế hoạch trả nợ Ngân hàng tài trợ vốn của dự án, phương án tài chính bị phá vỡ, dự án không khả thi.
Phương án 2 được Tổng cục Đường bộ đưa ra là giữ nguyên trạm thu phí T2 và tiếp tục thực hiện giảm giá dịch vụ sử dụng đường bộ. Với phương án này là sẽ tổ chức thu phí lại được ngay, số thu phí cơ bản đảm bảo so với phương án tài chính, thời gian thu phí không bị kéo dài. Phương án này có nhược điểm là chưa xử lý triệt để bất cập đối với trạm thu phí T2.
Phương án 3 được đề xuất là di dời trạm thu phí T2 về phía thành phố Cần Thơ qua ngã ba Lộ Tẻ (giao QL80 với QL91) tại vị trí khoảng Km49+100 Quốc lộ 91. Phương án này là sẽ giải quyết căn bản kiến nghị của Hiệp hội vận tải An Giang và các chủ phương tiện lưu thông theo hướng đi từ Quốc lộ 80 (hướng từ tỉnh Kiên Giang, Đồng Tháp qua cầu Vàm Cống) qua trạm thu phí T2 về tỉnh An Giang và ngược lại (đi quãng đường ngắn) do không qua trạm thu phí (tại vị trí mới) và không phải trả tiền.
Phương án 4 là giữ nguyên trạm thu phí T2 và bổ sung cổng kiểm soát tại vị trí Km49+100. Phương án này khiến thời gian thu phí hoàn vốn của dự án bị kéo dài do bổ sung chi phí đầu tư tại cổng kiểm soát vị trí km49+100. Doanh thu thu phí thấp làm ảnh hưởng đến dòng tiền hoàn vốn và kế hoạch trả nợ ngân hàng tài trợ vốn cho dự án, nhà đầu tư có nguy cơ bị chuyển thành nhóm nợ xấu. Phương án tài chính bị phá vỡ, dự án không khả thi.
Phương án 5 là không thu phí trạm thu phí T2 và Nhà nước hỗ trợ khoảng 850 tỉ đồng. Vướng nhất của phương án này chính là việc Nhà nước phải bố trí ngân sách để hỗ trợ cho dự án. Hiện nay, chưa có dự án nào được thực hiện theo hình thức này (nếu được thực hiện có thể sẽ gây hiệu ứng đối với các dự án khác).