Theo lý giải của UBND tỉnh Bắc Ninh, dự án đầu tư  xây dựng tuyến đường sắt Yên Viên - Phả Lại - Hạ Long - Cái Lân với chiều dài 131 km có điểm đầu tại ga Yên Viên, điểm cuối tại cảng Cái Lân được chia thành 4 tiểu dự án vận hành độc lập; đến nay, đã hoàn thành đưa vào khai thác tiểu dự án 1 đoạn Hạ Long - Cái Lân.

Về 3 tiểu dự án còn lại: Yên Viên - Lim, Lim - Phả Lại, Phả Lại - Hạ Long đã triển khai đền bù, giải phóng mặt bằng, thi công nền đường và một số hạng mục trên tuyến. Dự án được khởi công từ năm 2005. Đến năm 2011, do khó khăn về nguồn vốn nên Chính phủ đã tạm đình hoãn, giãn tiến độ dự án tại Nghị quyết số 11/2011/NQ-CP. Hiện dự án đã tạm dừng từ năm 2011 đến nay.

Trong khi đó, dự án đầu tư xây dựng đường Vành đai 4 – Vùng Thủ đô Hà Nội được Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư tại Nghị quyết số 56/2022/QH15 ngày 16.6.2022; Chính phủ ban hành Nghị quyết số 106/NQ-CP ngày 18.8.2022 triển khai thực hiện Nghị quyết số 56/2022/QH15. Theo đó, đoạn tuyến qua địa phận tỉnh Bắc Ninh có tổng chiều dài 35,3km. Trong đó tuyến vành đai 4: 25,6km, đi qua các huyện Thuận Thành, Quế Võ, Gia Bình và tuyến nối: 9,7 km qua thành phố Bắc Ninh.

Đoạn tuyến nối, đường Vành đai 4, dài 9,7 km qua thành phố Bắc Ninh kết nối giữa đường Vành đai 4 – Vùng Thủ đô Hà Nội và đường cao tốc Hà Nội – Hạ Long được quy hoạch đi qua các khu vực trung tâm đô thị, khu công nghiệp, với quy mô cầu cạn đi trên cao, cao độ là +7,5m và song song với đường sắt Lim – Phả Lại đang được đầu tư xây dựng, với quy mô đi bằng, cao độ là +8,5m.

Hiện nay Bộ Giao thông Vận tải đã giao Ban Quản lý dự án đường sắt rà soát, nghiên cứu lập điều chỉnh báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án đường sắt Yên Viên - Phả Lại - Hạ Long - Cái Lân làm cơ sở báo cáo cấp có thẩm quyền về phương án tiếp tục triển khai, sớm đưa dự án vào khai thác, phát huy hiệu quả các công trình đã đầu tư.

Với quy mô đầu tư đường sắt Lim – Phả Lại đi bằng như hiện tại sẽ chia cắt các khu vực trung tâm đô thị, khu công nghiệp, khu chức năng, dẫn đến hạn chế phát triển không gian đô thị, kinh tế - xã hội của tỉnh.

Để nâng cao hiệu quả đầu tư, khai thác tối đa lợi ích từ các tuyến đường bộ cao tốc và tuyến đường sắt mang lại cho tỉnh Bắc Ninh nói riêng và cho quốc gia nói chung, UBND tỉnh Bắc Ninh có công văn đề nghị Bộ Giao thông Vận tải báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, điều chỉnh quy mô dự án đầu tư xây dựng đường sắt Lim - Phả Lại từ đi bằng thành đi trên cao (cầu cạn), bổ sung vào điều chỉnh báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án đường sắt Yên Viên - Phả Lại - Hạ Long - Cái Lân.