Đoạn đường sắt được đề xuất dài 9,5km, giao cắt với đường bộ tại 14 điểm nên thường gây ra ùn tắc giao thông mỗi khi tàu chạy, nhất là giờ cao điểm. Đây là một trong những nguyên nhân thường xuyên dẫn đến các vụ tai nạn.

Để giải quyết những bất cập trên, UBND TPHCM kiến nghị Thủ tướng Chính phủ về một số nội dung cần điều chỉnh trong quy hoạch phát triển giao thông vận tải thành phố đến năm 2025. Trong đó, nội dung chủ yếu là có nên di dời ga Sài Gòn hiện hữu hay không?

Sau nhiều lần TP kiến nghị di dời ga Sài Gòn, bộ chốt phương án cuối cùng là đề nghị giữ nguyên vị trí ga và sẽ xây đường sắt trên cao.

Nguyên nhân do Sài Gòn là ga trung tâm đường sắt liên tỉnh và đường sắt nội - ngoại ô, nếu di dời gặp nhiều khó khăn vì vị trí ga mới không đáp ứng các tiêu chí cơ bản của ga trung tâm đô thị.

Mặt khác, ga mới theo kiến nghị của thành phố lại nằm trên đất Bình Dương, nơi chưa được xác định quy hoạch phát triển giao thông vận tải. Việc di dời cũng đòi hỏi nguồn kinh phí rất lớn.

Đến ngày 8.4.2013, Thủ tướng phê duyệt điều chỉnh quy hoạch phát triển giao thông vận tải TPHCM đến năm 2020 và tầm nhìn đến sau năm 2020. Trong đó, ga Sài Gòn vẫn ở vị trí cũ nhưng cải tạo, nâng cấp tuyến đường sắt Bắc - Nam đoạn Trảng Bom - Hòa Hưng (ga Sài Gòn), riêng đoạn từ ga Bình Triệu đến ga Hòa Hưng sẽ thành đường sắt trên cao.

TPHCM đã nhiều lần kiến nghị Bộ GTVT sớm triển khai theo quy hoạch nhưng 5 năm qua, dự án đường sắt trên cao vào ga Hòa Hưng vẫn chưa được thực hiện.