Theo đó, hiện có 3 đơn vị có thể giao làm Ban quản lý 2 dự án trên đó là Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV), Tổng Công ty Đầu tư phát triển hạ tầng giao thông Cửu Long (CIPM) và Ban Quản lý dự án Thăng Long. Tuy nhiên, tại thời điểm này, ACV chưa đáp ứng được các yêu cầu theo quy định của pháp luật như các cán bộ, kỹ sư chưa có chứng chỉ hành nghề quản lý dự án, dẫn đến chưa đủ điều kiện để thành lập tổ chức quản lý dự án của ACV do đó không đủ điều kiện để giao quản lý 2 dự án trên.

Do đó, để đẩy nhanh thủ tục, Bộ Giao thông Vận tải sẽ là chủ đầu tư của Dự án cải tạo đường cất hạ cánh và đường lăn Cảng hàng không Quốc tế Nội Bài và Cảng hàng không Quốc tế Tân Sơn Nhất.

Giao Ban Quản lý dự án Thăng Long tổ chức quản lý Dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh và đường lăn Cảng Hàng không Quốc tế Nội Bài; CIPM tổ chức quản lý Dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh và đường lăn Cảng Hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất. Giám đốc, Ban Quản lý dự án Thăng Long, Tổng Giám đốc CIPM được giao trực tiếp chỉ đạo thực hiện dự án và chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về chất lượng, tiến độ hoàn thành các dự án.