Theo Bộ Giao thông Vận tải, trước khi triển khai dự án BOT đầu tư xây dựng Quốc lộ 2 đoạn tránh thành phố Vĩnh Yên (tỉnh Vĩnh Phúc), trạm thu phí Bắc Thăng Long-Nội Bài do Cục Đường bộ Việt Nam (nay là Tổng cục Đường bộ Việt Nam) tổ chức quản lý, thu phí nộp ngân sách Nhà nước.
Công ty Cổ phần Vietracimex8 đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ đề xuất được sử dụng trạm thu phí Bắc Thăng Long-Nội Bài để hoàn vốn cho dự án BOT Quốc lộ 2 đoạn tránh thành phố Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc.
Năm 2013, trên cơ sở ý kiến của cử tri và Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội, Bộ Giao thông Vận tải đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ đề xuất xử lý bất cập tại trạm thu phí này theo hướng ghép với trạm thu phí của dự án BOT Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài-Vĩnh Yên hoặc nhà nước bố trí vốn mua lại bằng ngân sách Nhà nước.
Năm 2014, Bộ Giao thông Vận tải tiếp tục có văn bản kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét xử lý bất cập tại trạm thu phí Bắc Thăng Long-Nội Bài. Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến chỉ đạo: “Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo thực hiện thu phí hoàn vốn cho dự án xây dựng Quốc lộ 2, đoạn tránh thành phố Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc theo Hợp đồng BOT đã được ký kết với nhà đầu tư”. Vì vậy, trạm thu phí này tiếp tục được hoạt động đến nay.
Cuối năm 2018, một số lái xe phản đối, dừng xe tại trạm thu phí Bắc Thăng Long-Nội Bài gây mất an ninh trật tự và mất an toàn giao thông, Bộ Giao thông Vận tải đã chỉ đạo Tổng cục Đường bộ Việt Nam phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chức năng của thành phố Hà Nội và nhà đầu tư để đảm bảo an ninh trật tự và an toàn giao thông tại trạm thu phí. Từ đó đến nay, trạm thu phí này đã vận hành ổn định.
Trong thời gian qua, để hoàn thiện chính sách pháp luật về đầu tư theo hình thức đối tác công tư, Chính phủ đã ban hành các Nghị định đều có điều khoản quy định chuyển tiếp, theo đó đối với các dự án đã ký kết hợp đồng dự án trước ngày Nghị định có hiệu lực thi hành thì được tiếp tục thực hiện theo quy định của hợp đồng dự án đã ký kết.
Theo Bộ Giao thông Vận tải, mọi cam kết, thỏa thuận không vi phạm điều cấm của pháp luật, có hiệu lực thực hiện đối với các bên và phải được chủ thể khác tôn trọng. Vì vậy, việc xử lý tồn tại, bất cập tại trạm thu phí Bắc Thăng Long-Nội Bài cần phải được thực hiện trên nguyên tắc đảm bảo hài hòa lợi ích và tôn trọng quyền, nghĩa vụ của các bên theo hợp đồng đã ký kết.