Theo Bộ GTVT, dự án này thuộc nhóm quan trọng quốc gia, do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư, Thủ tướng Chính phủ quyết định cấp đầu tư dự án.
Theo đề xuất tại báo cáo trên, tổng chiều dài dự án khoảng 1.559km chạy dọc hành lang Bắc - Nam, đi qua 20 địa phương, nối Hà Nội và TP.HCM.
Trên cơ sở định hướng Chiến lược, Quy hoạch phát triển GTVT đường sắt theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Từ năm 2017, Bộ GTVT đã tổ chức rà soát các nghiên cứu trước đây về Dự án và tổ chức nghiên cứu cập nhật, bổ sung.
Trên cơ sở kết quả nghiên cứu về phạm vi, quy mô, phương án công nghệ... căn cứ các quy định của pháp luật hiện hành về lập tổng mức đầu tư dự án là 58,7 tỉ USD.
Với tổng mức đầu tư rất lớn của dự án, phương án phân kỳ đầu tư bên cạnh việc đáp ứng nhu cầu vận tải nhằm đảm bảo hiệu quả dự án, báo cáo nghiên cứu tiền khả thi cũng đã nghiên cứu khả năng huy động nguồn lực nhằm giảm áp nợ công của nền kinh tế.
Theo đó có 2 phương án phân kỳ đầu tư như sau: Đầu tư hoàn chỉnh và khai thác đồng bộ đường sắt tốc độ cao trên từng đoạn. Tốc độ thiết kế là 350km/h. Giai đoạn 1 (dự kiến từ 2020 - 2032) đầu tư đoạn Hà Nội - Vinh và TPHCM - Nha Trang với tổng mức đầu tư dự kiến là 24,7 tỉ USD và giai đoạn 2 (dự kiến từ 2032 - 2050) đầu tư đoạn Vinh - Nha Trang để nối thông toàn tuyến (mặc dù được phân thành 02 giai đoạn nhưng thực chất đây là một quá trình đầu tư liên tục) tổng mức đầu tư là 33,98 tỉ USD.
Đầu tư hoàn chỉnh hạ tầng toàn tuyến theo tiêu chuẩn đường sắt tốc độ cao và phân kỳ đối với việc đầu tư thiết bị, phương tiện vận tải và phương thức khai thác. Giai đoạn 1 (dự kiến từ 2020 - 2032) đầu tư hạ tầng toàn bộ tuyến Hà Nội - TPHCM đảm bảo tốc độ thiết kế 350km/h nhưng chưa điện khí hóa, mua sắm đoàn tàu diezel để khai thác riêng tàu khách trên toàn tuyến với vận tốc khai thác tối đa 150Km/h với tổng mức đầu tư là 41,980 tỉ USD và giai đoạn 2 (dự kiến từ 2032 - 2050) tiến hành điện khí hóa, nâng cấp hệ thống thông tin tín hiệu, mua sắm đoàn tàu tốc độ cao thay thế tầu diezel để khai thác trên toàn tuyến với tổng mức đầu tư là 17,11 tỉ USD.
Qua phân tích về nhu cầu vận tải, khả năng huy động các nguồn lực đầu tư, hiệu quả đầu tư cũng như sự phù hợp với quy hoạch liên quan. Dự án đề xuất phương án và tiến độ đầu tư Dự án như sau: Giai đoạn 1 (dự kiến hoàn thành vào 2030 - 2032): Chuẩn bị đầu tư và tổ chức đầu tư xây dựng 2 đoạn (Hà Nội - Vinh và Nha Trang - TPHCM). Cùng với quá trình đầu tư xây dựng là công tác chuẩn bị nguồn nhân lực, xây dựng thể chế để khai thác vào năm 2032. Và giai đoạn 2 (dự kiến từ 2032 - 2050): Tiếp tục đầu tư xây dựng đoạn Vinh - Nha Trang. Trong đó ưu tiên đoạn Vinh - Đà Nẵng để có thể khai thác vào năm 2040 và tiếp tục hoàn thành đoạn Đà Nẵng - Nha Trang vào năm 2050.