Theo Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải – ông Nguyễn Ngọc Đông, từ ngày 29.9.2018 trở về trước, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (VNR) là đơn vị trực thuộc nên Bộ giao dự toán nguồn sự nghiệp kinh tế đường sắt cho VNR để thực hiện công tác bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Sau ngày 29.9.2018, VNR được chuyển sang Ủy ban quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp. Do đó, ngày 6.11.2020, Bộ Tài chính có Công văn số 13664/BTC-QLCS cho rằng giao dự toán nguồn sự nghiệp kinh tế đường sắt cho VNR năm 2021 là không phù hợp với quy định tại khoản 1 Điều 49 Luật Ngân sách Nhà nước, khoản 1 Điều 31 Nghị định số 163/2016/NĐ-CP.
Theo Thông báo số 125/TB-VPCP ngày 25.3.2020 của Thủ tướng Chính phủ nêu rõ: “Bộ Giao thông Vận tải chủ động phối hợp với các cơ quan liên quan chuẩn bị đầy đủ các điều kiện cần thiết để thực hiện bố trí, sử dụng kinh phí quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia từ năm 2021 theo đúng quy định của pháp luật.”
Hiện Cục Đường sắt Việt Nam đã dự thảo các hợp đồng đặt hàng bảo dưỡng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Tuy nhiên do VNR không thực hiện các chỉ đạo của Bộ Giao thông Vận tải, không phối hợp với Cục Đường sắt Việt Nam để hoàn thiện dự thảo hợp đồng đặt hàng, chưa cho phép người đại diện phần vốn Nhà nước tại 20 doanh nghiệp bảo trì ký hợp đồng đặt hàng với Cục Đường sắt để triển khai thực hiện…
Theo Vụ trưởng Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông - ông Lê Hoàng Minh, việc Bộ Giao thông Vận tải thực hiện giao dự toán ngân sách bảo trì hệ thống hạ tầng đường sắt quốc gia cho Cục Đường sắt Việt Nam là đang thực hiện theo đúng quy định của Luật Ngân sách Nhà nước năm 2020 hiện hành. Dự toán ngân sách và kế hoạch bảo trì đã xây dựng và đã có nguồn tiền sẵn sàng chuyển bất cứ khi nào.
Bộ Giao thông Vận tải đang rất “sốt ruột” về giao vốn bảo trì đường sắt đặc biệt việc bảo trì cần được quyết định và triển khai nhanh nhất có thể vì nếu không bảo trì sẽ xuống cấp rất nhanh, cán bộ công nhân viên lao động không nhận được lương...
Trước đó, VNR đã có văn bản số 803/BC-ĐS ngày 12.4.2021 kiến nghị khẩn gửi Thủ tướng Chính phủ liên quan đến những vướng mắc trong quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Đại diện VNR cho rằng, đề án quản lý, sử dụng tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia được Bộ Giao thông Vận tải trình Thủ tướng Chính phủ tới thời điểm này vẫn tạo ra nhiều cấp trung gian quản lý, nhiều thủ tục hành chính trong việc quản lý, bảo trì, khai thác tài sản.