Theo đó phương án tuyến và vị trí ga ngầm C9, tuyến đường sắt đô thị số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo, được Thường trực Chính phủ chấp thuận lựa chọn là phương án 1 nghiên cứu bố trí ga C9 ra ngoài Vùng bảo vệ II của di tích hồ Hoàn Kiếm.
Theo phương án này, ga ngầm C9 được điều chỉnh thành ga xếp chồng 4 tầng có kết cấu thân ga trùng với ranh giới vùng bảo vệ II, dài hơn 202m, rộng 15m, sâu khoảng 31m, ga nằm trên đường cong có bán kính 800m, bên dưới lòng đường Đinh Tiên Hoàng phía trước Tổng công ty Điện lực Hà Nội, Tổng công ty Điện lực Miền Bắc và trụ sở HĐND, UBND TP Hà Nội; có 2 lối lên xuống.
Tính toán cho thấy, để có đủ không gian bố trí tháp làm mát, thông gió (cao 13m) và phòng máy phát điện... cần phải mở rộng diện tích công trình phụ trợ tại đất của Tổng công ty Điện lực Hà Nội lên 705m2, tăng 260m2 so với phương án đề xuất ban đầu; lấy thêm đất của UBND thành phố khoảng 25m2 để bảo đảm thi công.
Mặc dù việc điều chỉnh thiết kế ga C9 và đoạn tuyến làm tăng thêm chi phí xây dựng (khoảng 500 tỉ đồng), tăng chi phí vận hành bảo dưỡng, kém thuận lợi cho hành khách, song với ưu điểm phù hợp với các quy hoạch liên quan của Thủ đô, bảo đảm tính khả thi về kỹ thuật và công nghệ, tuân thủ pháp luật về di sản văn hóa, giải quyết được các kiến nghị của Ủy ban Văn hóa, Giáo dục của Quốc hội và Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Thường trực Chính phủ đã chấp thuận phương án tuyến và vị trí ga ngầm C9 theo phương án 1.
Đại diện MRB cho biết, việc chấp thuận này sẽ là cơ sở để UBND TP Hà Nội hoàn chỉnh hồ sơ điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Trước đó, phương án đề xuất phê duyệt từ năm 2017 có một phần thân ga và cửa lên xuống số 3 nằm trong vùng bảo vệ II của di tích lịch sử quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn nên chưa nhận được ý kiến đồng thuận của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và Ủy ban Khoa học Giáo dục của Quốc hội.
UBND TP Hà Nội đã chỉ đạo MRB và các cơ quan nghiên cứu kỹ lưỡng các phương án bố trí ga ngầm C9 tại khu vực hồ Hoàn Kiếm bảo đảm đầy đủ cơ sở khoa học, kỹ thuật và mang tính khả thi, giảm ảnh hưởng tới Vùng bảo vệ II của di tích hồ Hoàn Kiếm.
Bên cạnh phương án 1, phương án được đưa ra là giữ nguyên như phương án ban đầu đã đề xuất phê duyệt từ năm 2017. Ga ngầm C9 nằm ngầm dưới đường Đinh Tiên Hoàng và vườn hoa Bờ hồ Hoàn Kiếm tại phía trước Tổng công ty Điện lực Hà Nội và Tổng công ty Điện lực Miền Bắc, phần chính thân ga và cửa lên xuống số 3 nằm trong Vùng bảo vệ II di tích Hồ Hoàn Kiếm.
Phương án 3 là bỏ ga ngầm C9 (hoặc có thể xem xét xây dựng trong tương lai).