Theo báo cáo của Cảng vụ Hàng hải Vũng Tàu, tính đến 6h ngày 3.11, có 192 tàu neo đậu và hoạt động trong vùng nước cảng biển Vũng Tàu. Trong đó, neo đậu làm hàng trên sông Cái Mép – Thị Vải là 57 tàu; neo đậu trên các bến cảng sông Dinh là 65 tàu; neo đậu tại Bến Đầm – Côn Đảo là 2 tàu; neo đậu tại khu neo đậu Vũng Tàu là 68 tàu.
Theo quy định, khu neo đậu Vũng Tàu 65 vị trí phục vụ cho tàu thuyền tránh bão, tuy nhiên do số lượng tàu từ các cảng biển TP. Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bình Dương, Trà Vinh, Mỹ Tho đang hành trình ngoài biển ngang qua khu vực có nhu cầu xin neo đậu để tránh trú bão nhiều nên bố trí thêm điểm đậu, vì vậy đã đề xuất thiết lập bổ sung 20 điểm đậu cho các tàu biển có trọng tải lớn.
Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam chỉ đạo các đơn vị không được chủ quan với bão số 12, phải chủ động sẵn sàng ứng cứu khi có yêu cầu. Đặc biệt, với những chuyến tàu đi về hướng Bắc, di chuyển qua vùng có bão cần phải giám sát chặt chẽ, không để tàu đi vào bão.
Bên cạnh đó, phải thực hiện nhanh các thủ tục cho các tàu ra vào cảng. Nếu bão trên cấp 8 đổ bộ vào BR-VT, phải di chuyển các tàu ra khỏi cầu cảng, tránh va đập gây hư hại cho tàu và cầu cảng, với các tàu 10.000 tấn phải nhanh chóng bố trí vị trí neo đậu. Cục trưởng cũng đồng ý cho phép hoạch định các vị trí neo đậu bổ sung cho các tàu có yêu cầu được tránh trú. Các tàu nhỏ neo đậu sâu vào luồng, càng đi vào phía sâu thượng nguồn càng tốt. Không được để các ngư dân trên các đăng đáy và các tàu cá.
Cục trưởng chỉ đạo Cảng vụ Hàng Hải Vũng Tàu phải phối hợp chặt chẽ với Cảng vụ TP. Hồ Chí Minh để có thể bố trí các tàu ra khu vực neo dự phòng neo đậu tại khu vực Thiềng Liềng, Gò Gia để neo đậu khi cần thiết. Các đơn vị Cảng vụ Hàng hải Vũng Tàu, Bảo đảm an toàn Hàng hải, Hoa Tiêu chuẩn bị lực lượng phương tiện để sẵn sàng phối hợp để hướng đưa tàu vào vị trí neo đậu, ứng cứu tìm kiếm cứu nạn khi cần thiết. Công tác chuẩn bị ứng phó bão phải kết thúc trong thời gian nhanh nhất có thể.
Cùng ngày, các địa phương tại tỉnh BR-VT cũng tiến hành họp bàn các phương án ứng phó với bão và lên kế hoạch sơ tán người dân khi cần thiết.