Cụm công trình bao gồm các hạng mục chính như: Xây dựng kênh nối giữa sông Đáy và sông Ninh Cơ với chiều dài khoảng 1km; chiều rộng đáy kênh 90-100m. Xây dựng âu tàu với kích thước trong buồng âu rộng 17m, dài 179m và độ sâu đáy 7m. Bên cạnh đó còn có cầu vượt kênh nối Đáy-Ninh Cơ với tĩnh không 15m, kết cấu bêtông cốt thép, chiều dài cầu 777,9m, chiều dài đường dẫn 1497m. Điểm đầu cầu tại Km31+285, điểm cuối tại Km33+260 đường tỉnh 490C. Ngoài ra, một số hạng mục phụ trợ được xây dựng như: Hệ thống phao tiêu báo hiệu, trồng cây, đê hoàn trả, hệ thống thủy lợi, điện và thông tin liên lạc…

Theo Phó giám đốc phục trách Ban Quản lý các dự án đường thủy (đại diện chủ đầu tư dự án) - ông Dương Thanh Hưng, đây là dự án lớn nhất từ trước đến nay được đầu tư vào hạ tầng đường thủy nội địa ở khu vực phía Bắc, thực hiện trên phạm vi 14 tỉnh/thành phố khu vực đồng bằng Bắc Bộ. Dự án WB6 là bước đột phá trong cải tạo hệ thống hạ tầng đường thủy nội địa khu vực đồng bằng Bắc Bộ, kết nối vận tải thủy nội địa khu vực với vận tải ven biển.

Dự án gốc của WB6 có tổng mức đầu tư của 200 triệu USD, đã được hoàn thành, đưa vào sử dụng năm 2016. Nhằm phát huy tối đa hiệu quả đầu tư, Chính phủ và WB đã ký Hiệp định bổ sung vốn cho dự án WB6 để đầu tư cụm công trình kênh nối Đáy - Ninh Cơ. Cụm công trình này có tổng mức đầu tư hơn 107 triệu USD, trong đó vốn vay ODA của Ngân hàng Thế giới là hơn 78 triệu USD, vốn đối ứng trong nước hơn 28 triệu USD.