Tại giai đoạn tiếp theo từ ngày 21 đến 27.10.2021 thực hiện theo Quyết định 1839 của Bộ Giao thông Vận tải về Hướng dẫn tạm thời tổ chức hoạt động vận tải đường sắt thích ứng an toàn, linh hoạt, kiểm soát hiệu quả dịch COVID-19, ngành Đường sắt đã thực hiện 98 chuyến tàu, vận chuyển được hơn 23.400 lượt hành khách.
Hiện ngành Đường sắt đang tổ chức chạy hàng ngày 3 đôi tàu khách Thống nhất Hà Nội - TP.HCM là SE3/4, SE5/6, SE7/8, hai đôi tàu khách Hà Nội - Hải Phòng LP5/6, LP3/8, một đôi tàu khách Hà Nội - Vinh NA1/2.
Từ ngày 21.10.2021 đến nay, số lượng đường bay và số chuyến tại các đường bay của ngành Hàng không đã được tăng cường (riêng Hà Nội - TPHCM bay 6 chuyến khứ hồi/ngày), giá vé rẻ, lượng khách đi tàu đã bắt đầu giảm dần. Cùng đó, vận tải hành khách công cộng bằng đường bộ liên tỉnh đã được mở lại, dẫn đến việc lượng hành khách trên tuyến đường sắt Hà Nội - TPHCM đã giảm dần, đặc biệt là chiều Hà Nội đi TPHCM.
Đối với tuyến Hà Nội - Vinh, đôi tàu NA1/2 lượng hành khách vắng do nhu cầu người dân đi lại trên tuyến Hà Nội - Vinh và ngược lại đang còn hạn chế, tâm lý người dân còn e ngại về dịch COVID-19 chưa kiểm soát được tại một số địa phương.
Tuyến Sài Gòn - Đà Nẵng, đã tạm ngừng chạy tàu SE22 từ ngày 25.10.2021 và tàu SE21 từ ngày 26.10.2021 do ảnh hưởng của lũ lụt tại khu vực miền Trung; Mặt khác, các hãng hàng không đã được bay lại các tuyến nội địa với giá cả cạnh tranh hơn so với đường sắt, dẫn đến sản lượng hành khách giảm.
Riêng tuyến Hà Nội - Hải Phòng, lượng hành khách đã có tăng trưởng rõ rệt do khách đi tàu ở các địa phương được nới lỏng yêu cầu về cách ly y tế. Hiện Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đang theo dõi luồng hành khách để tiếp tục chạy hoặc bỏ tàu phù hợp với nhu cầu của thị trường.
Cũng theo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam, theo đánh giá của Bộ Y tế hiện chỉ có một số ít xã, huyện có cấp dịch là cấp 4 và hành khách đi từ vùng 4 cũng rất ít, do đó gây lãng phí cho ngành khi phải bố trí nguyên toa số 1 như hiện nay. Vì vậy, Tổng Công ty đề nghị chỉ bố trí 2 phòng riêng/1 đoàn tàu để bán vé cho hành khách đi từ khu vực dịch cấp 4.
Theo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam, thực Quyết định 1782 ban hành “Quy định tạm thời về tổ chức hoạt động vận tải hành khách bằng đường sắt đảm bảo thích ứng an toàn, linh hoạt, kiểm soát hiệu quả dịch COVID-19”, trong giai đoạn chạy thí điểm từ ngày 13 đến 20.10.2021, các đoàn tàu thường xuyên kín chỗ, trung bình hệ số lấp đầy đạt 90%.