Trong dự thảo Luật Thủ đô, quy định về tài chính ngân sách được quy định chủ yếu tại Điều 35. Huy động nguồn lực tài chính, ngân sách cho phát triển Thủ đô và Điều 36. Sử dụng nguồn lực tài chính, ngân sách cho phát triển Thủ đô; đồng thời, tại các điều khoản khác của dự thảo Luật cũng thể hiện việc sử dụng ngân sách các cấp của Thành phố để chi những khoản chi đặc thù, cao hơn hoặc ngoài quy định đã có của Trung ương ở các lĩnh vực như: văn hóa, giáo dục đào tạo, y tế, an sinh xã hội, khoa học và công nghệ, nông nghiệp nông thôn, hỗ trợ việc cải tạo, chỉnh trang, tái thiết đô thị…; chi tăng thu nhập cho cán bộ, công chức, viên chức.

- Về mức vay nợ và bội chi ngân sách (khoản 4 Điều 35): có 3 nội dung chính: (1) Thành phố được vay thông qua phát hành trái phiếu chính quyền địa phương, vay từ các tổ chức tài chính trong nước, các tổ chức khác trong nước và từ nguồn trái phiếu Chính phủ phát hành không phụ thuộc vào hạn mức trần; (2) Thành phố Hà Nội chịu trách nhiệm thực hiện đầy đủ, đúng hạn các nghĩa vụ liên quan đến khoản vay lại.” (3) Tổng mức vay và bội chi ngân sách thành phố Hà Nội hằng năm do Quốc hội quyết định.

Quy định này nhằm cho phép Hà Nội được vay nợ không có hạn mức trần, có thể cao hơn so với Luật Ngân sách (60%) và Nghị quyết số 115 của Quốc hội (không quá 90% số thu ngân sách Thành phố được hưởng theo phân cấp. Nhưng việc kiểm soát mức dư nợ do Quốc hội quyết định và phải nằm trong khả năng trả nợ của Thành phố (do Hội đồng nhân dân thành phố quyết định mức vay). Như vậy, quy định này giúp Thành phố có cơ chế huy động nguồn vốn vay linh hoạt, chủ động hơn, tập trung hơn, huy động nguồn lực tài chính đủ lớn để triển khai những nhiệm vụ chiến lược, trọng điểm trong từng thời kỳ.

- Về tiền thu từ đất (khoản 5 Điều 35): Quy định này xác định: (1) Ngân sách thành phố Hà Nội được giữ lại tối đa các khoản thu tiền sử dụng đất, tiền cho thuê đất thuộc thẩm quyền quản lý của Thành phố. (2) Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định tỷ lệ điều tiết cụ thể phù hợp với mục tiêu sử dụng nguồn vốn trên cơ sở đề xuất của thành phố Hà Nội.

Hiện nay theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, các địa phương đang được giữ lại 100% các khoản thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất. Tuy nhiên trong thời gian tới, thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW, Luật Ngân sách nhà nước sẽ được sửa đổi và quy định tỷ lệ điều tiết, phân chia khoản thu này giữa trung ương và địa phương.

Như vậy, quy định này nhằm ưu đãi, cho phép Thành phố được giữ lại “tối đa” các khoản thu từ đất, trên cơ sở hằng năm, Thủ tướng Chính phủ sẽ xem xét quyết định tỷ lệ điều tiết cụ thể (có thể cao hơn tỷ lệ theo quy định của Luật Ngân sách) nhằm giúp Hà Nội có thêm nguồn lực để phục vụ nhiệm vụ trọng điểm, cụ thể do Thành phố đề xuất; trong đó có cả việc chi cho di dời, hỗ trợ di dời các cơ quan, đơn vị, cơ sở của Trung ương và Thành phố theo quy hoạch.