Kết luận thanh tra cho rằng, các sai phạm tập trung vào việc thẩm định, phê duyệt quy hoạch, phê duyệt giá thu tiền sử dụng đất... Cụ thể, theo TTCP, việc tính toán và phê duyệt giá thu tiền sử dụng đất đối với các dự án không căn cứ vào thông tư của Bộ Tài chính về phương pháp xác định giá đất và khung các loại đất.
Nổi bật là lô đất CT2 thuộc dự án khu đô thị mới Kim Văn - Kim Lũ (quận Hoàng Mai) do Công ty Vinaconex 2 làm chủ đầu tư. Dự án này đã được giao đất trong thời gian dài nhưng các sở, ngành không tham mưu trình UBND TP phê duyệt giá thu tiền sử dụng đất mà vẫn đầu tư xây dựng và bán căn hộ cho khách hàng gây thất thu hơn 733 tỉ đồng.
Kết luận thanh tra nêu rõ, kiểm tra ở 9 dự án, TTCP phát hiện thất thu ngân sách 205,95 tỉ đồng. TTCP kết luận để xảy ra những sai phạm này, trách nhiệm thuộc về Thường trực UBND TP Hà Nội, sở ngành và các chủ đầu tư.
Theo quy định của TP Hà Nội, chủ đầu tư các dự án khu nhà ở, khu đô thị phải thực hiện nghĩa vụ nộp 20% quỹ đất ở hoặc 30% quỹ nhà để bổ sung vào quỹ nhà ở của TP. Tuy nhiên, quá trình thực hiện, Hà Nội đã có sự ưu ái đặc biệt cho các dự án khi cho phép cơ chế nộp tiền.
Ngoài ra, theo TTCP, sai phạm về tài chính được phát hiện qua thanh tra là gần 1.600 tỉ đồng. Trong đó, số tiền hơn 12 tỉ đồng do xác định tiền sử dụng đất của dự án không đúng vị trí quy định tại bảng giá đất của dự án khu nhà ở do Tổng Công ty Viglacera làm chủ đầu tư.
Số tiền sử dụng đất chưa nộp tại lô đất CT2 khu đô thị Kim Văn - Kim Lũ tạm tính hơn 733 tỉ đồng. Hơn 611 tỉ đồng do việc xác định nghĩa vụ tài chính của chủ đầu tư phải thực hiện theo quy định của UBND TP Hà Nội chưa đúng, chưa đủ và chưa nộp.
Trong nội dung kết luận thanh tra, Sở Tài chính không có chức năng thu, quản lý nguồn thu ngân sách nhưng đã thực hiện việc thu, quản lý và sử dụng các khoản thu gần 3.000 tỉ đồng. Sau đó, TP Hà Nội đã cho phép sử dụng nguồn thu này để chi 615 tỉ đồng… Khoản chi này là không đúng chức năng, quy định về quản lý ngân sách và vi phạm Luật Ngân sách.
TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao TP Hà Nội tổ chức kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân qua các thời kỳ để xảy ra sai phạm nêu trên. Căn cứ vào kết quả kiểm điểm, có biện pháp xử lý đối với những tập thể, cá nhân. Đối với những hành vi nếu có dấu hiệu cấu thành tội phạm, yêu cầu chuyển cơ quan điều tra xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật.