Theo đó, UBND thị xã Ninh Hòa nhận thấy việc dạy phụ đạo cho học sinh đại trà (lớp 9/3, 9/4, 9/5) có thu tiền là không đúng quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo (GDĐT).
Bà Hiền không tổ chức lấy ý kiến Tổ chuyên môn khi bổ nhiệm Tổ trưởng là vi phạm Điều 16, Điều lệ trường THCS, THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học ban hành kèm theo Thông tư số 12 (ngày 28.3.2011) của Bộ GDĐT
Với vai trò là hiệu trưởng, bà Hiền đã không dạy đủ số tiết theo định mức tiết dạy đối với hiệu trưởng là vi phạm Điều 7, Quy định chế độ làm việc đối với giáo viên phổ thông, ban hành kèm theo Thông tư 28 (ngày 21.10.2009) của Bộ GDĐT và khoản 6, Điều 1, Thông tư 15 (ngày 9.6.2017).
Việc bà Hiền nhận tiền phụ cấp ưu đãi 30% dành cho giáo viên trực tiếp giảng dạy là chưa đúng quy định tại Thông tư liên tịch số 01 ngày 23.1.2006 giữa Bộ GDĐT - Bộ Nội vụ - Bộ Tài chính.
Theo đó, tổng số tiền phụ cấp ưu đãi bà Hiền nhận sai quy định trong các năm học 2016-2017 và 2017-2018 là 34.844.700 đồng. Trong đó, có 4 tháng không dạy đủ số tiết theo định mức (số tiền phụ cấp ưu đãi đã nhận là 8.057.800 đồng) và 14 tháng không dạy (số tiền phụ cấp ưu đãi đã nhận là 26.786.900 đồng).
Theo UBND thị xã Ninh Hòa, việc chi sai chế độ, tiêu chuẩn, định mức là hành vi vi phạm được quy định tại khoản 3, Điều 18, Luật Ngân sách Nhà nước năm 2015; vi phạm Điểm C, khoản 1, Điều 34 Luật phòng, chống tham nhũng năm 2005.
Ngoài ra, Thanh tra thị xã Ninh Hòa cũng phát hiện việc không tổ chức đối thoại với người khiếu nại trong quá trình giải quyết khiếu nại quyết định kỷ luật viên chức, vi phạm Điều 53, Luật Khiếu nại năm 2011. Trách nhiệm chính để xảy ra những sai phạm trên thuộc về bà Nguyễn Thị Phương Hiền - Bí thư Chi bộ, Hiệu trưởng trường THCS Nguyễn Trung Trực.
UBND thị xã Ninh Hòa cho rằng, nguyên nhân của những tồn tại, hạn chế kể trên có nguyên nhân chủ quan là do hiệu trưởng trường chưa nghiên cứu kỹ những quy định của pháp luật trong quá trình thực hiện công tác quản lý. Việc xử lý công việc của lãnh đạo nhà trường còn cứng nhắc, chưa tạo được sự đồng thuận đối với một số giáo viên trong trường. Bên cạnh đó, phần lớn giáo viên trong trường chưa phát huy hết tinh thần phê bình và tự phê bình, chưa mạnh dạn phản ánh những vi phạm của lãnh đạo trường để cấp có thẩm quyền kịp thời chấn chỉnh, xử lý (có nhiều đơn tố cáo nặc danh). Ngoài ra, công tác kiểm tra, giám sát của Phòng GDĐT thị xã chưa được thường xuyên, kịp thời.
Nguyên nhân khách quan là trong các năm học 2016-2017 và 2017-2018, trường gặp một số khó khăn về nhân sự, như thời gian dài chỉ có phó hiệu trưởng phụ trách, thiếu 1 phó hiệu trưởng; Hiệu trưởng và Phó Hiệu trưởng tham gia học lớp Trung cấp lý luận chính trị..., ảnh hưởng đến thời gian tham gia giảng dạy của Hiệu trưởng.