Theo Bộ Giao thông Vận tải, trong tổng số hơn 70 dự án BOT do Bộ này quản lý, hiện còn tồn tại 4 trạm thu phí BOT chưa xử lý bất cập nên chưa được thu phí (trạm thu phí La Sơn - Túy Loan; trạm thu phí Bỉm Sơn; trạm thu phí QL3; trạm thu phí trên QL91) và 4 dự án BOT giảm doanh thu lớn, phá vỡ phương án tài chính (Dự án đầu tư nâng cấp, mở rộng đường Hồ Chí Minh đoạn Km1738+148 - Km1763+610; Dự án xây dựng công trình cầu Thái Hà; Dự án cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn đoạn từ cầu đường sắt Bình Lợi tới cảng Bến Súc; Dự án đầu tư xây dựng công trình cầu Việt Trì - Ba Vì nối Quốc lộ 32 với Quốc lộ 32C).
Đối với trạm thu phí La Sơn - Túy Loan (hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả), Bộ Giao thông Vận tải cho biết, tuyến đường bộ cao tốc đoạn La Sơn - Túy Loan được đầu tư theo hình thức BT, quy mô đầu tư phân kỳ 2 làn xe, hướng tuyến song song với Quốc lộ 1 đoạn qua đèo Hải Vân.
Sau khi đầu tư bổ sung hạng mục hầm Cù Mông và mở rộng hầm Hải Vân vào dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả, để bảo đảm hiệu quả tài chính, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý thành lập trạm thu phí trên tuyến La Sơn - Túy Loan để thu phí hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả.
Tuy nhiên qua rà soát, đánh giá cho thấy, việc đặt trạm thu phí trên tuyến La Sơn - Túy Loan (đầu tư bằng ngân sách nhà nước) để hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả sẽ bất cập do “đầu tư một nơi, thu phí một nơi”, có thể gây phản ứng của người tham gia giao thông”. Do đó, từ năm 2018, Bộ Giao thông Vận tải đã phối hợp với các bộ, ngành và cơ quan liên quan nghiên cứu giải pháp xử lý.
Căn cứ vào đề xuất của Bộ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải kiến nghị Chính phủ không sử dụng trạm thu phí La Sơn - Túy Loan để hoàn vốn cho dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả, bổ sung vốn nhà nước (khoảng 2.280 tỉ đồng) để hỗ trợ cho dự án.
Đồng thời đề xuất phối hợp với Bộ Tài chính xây dựng Đề án thu phí trình cấp có thẩm quyền thông qua để thu hồi vốn nộp ngân sách nhà nước.
Hiện vốn tham gia của nhà nước trong dự án hầm đường bộ qua Đèo Cả (bao gồm cả hầm Cổ Mã, hầm Đèo Cả, hầm Cù Mông, hầm Hải Vân) là 5.048 tỉ đồng/19.530 tỉ đồng (chiếm khoảng 25,8% tổng vốn đầu tư).
Trường hợp bổ sung vốn nhà nước khoảng 2.280 tỉ đồng để thay thế quyền thu phí tại trạm La Sơn - Túy Loan, tổng vốn nhà nước tham gia dự án khoảng 7.328 tỉ đồng (chiếm khoảng 37,5% tổng vốn đầu tư), không vượt mức tối đa 50% tổng mức đầu tư như quy định tại Luật PPP.