Theo nội dung công điện, để chủ động ứng phó với diễn biến phức tạp của mưa lũ và hoàn lưu bão số 6 trong những ngày tới, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu Cục Hàng hải Việt Nam chỉ đạo các cảng vụ hàng hải hướng dẫn tàu thuyền không đi vào vùng nguy hiểm, phối hợp với Ban Chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn địa phương hướng dẫn nơi neo đậu, tránh trú an toàn. Đặc biệt chú ý các điểm đen: Cảng Quy Nhơn, Cửa Gianh; khu vực cửa sông tại Quảng Bình.
Trung tâm phối hợp Tìm kiếm cứu nạn Hàng hải Việt Nam điều động các tàu cứu nạn chuyên dụng đến chốt ở các vị trí dự kiến có khả năng bị ảnh hưởng lớn nhất và chuẩn bị sẵn sàng để tham gia cứu nạn, cứu hộ khi có lệnh.
Tổng cục Đường bộ Việt Nam chỉ đạo các đơn vị thực hiện duy tu, bảo dưỡng thường xuyên đường bộ, các công trình thoát nước luôn thông thoát, hệ thống báo hiệu; Tập trung nguồn lực chủ động khắc phục hậu quả do mưa, lũ gây ra trên các tuyến quốc lộ. Kiểm tra mức độ hư hỏng tại các bến phà, cầu phao, các khu vực đường xung yếu, các cầu yếu... để kịp thời sửa chữa, khắc phục đảm bảo giao thông thông suốt trong thời gian nhanh nhất; Chỉ đạo các cục quản lý đường bộ chủ trì, phối hợp với các địa phương tổ chức trực, phân luồng giao thông, cử người canh gác, báo hiệu những vị trí bị ngập nước, ngầm tràn, đoạn đường bị đứt, sạt lở...
Tổng công ty Đường sắt Việt Nam được giao chỉ đạo các đơn vị thực hiện nghiêm ngặt chế độ tuần tra, chốt gác các công trình, vị trí xung yếu, khu vực hay xảy ra lũ quét, các đoạn đường đèo dốc, đá rơi, đất sụt, các khu vực đường sắt ở phía hạ lưu đê, đập thuỷ lợi, hồ chứa nước... Huy động nguồn lực, kịp thời khắc phục hậu quả của mưa, lũ.
Cục Đường thuỷ nội địa đôn đốc các đơn vị trực thuộc kịp thời sửa chữa, bổ sung phao tiêu, biển báo bị hư hỏng do mưa, lũ gây ra; kiểm kê, rà soát phương tiện phục vụ công tác phòng chống thiên tai và cứu nạn, đảm bảo sẵn sàng ứng cứu. Chỉ đạo các đơn vị tổ chức điều tiết đảm bảo giao thông, chống va trôi cho các cầu trong và sau mưa, lũ ở những vị trí trọng yếu trên các tuyến đường thuỷ nội địa quốc gia.
Yêu cầu các hãng hàng không, Công ty Bay dịch vụ hàng không theo dõi chặt chẽ diễn biến của hoàn lưu bão số 6 để điều chỉnh kế hoạch hoặc thay đổi lịch bay cho phù hợp và đảm bảo an toàn tuyệt đối, đối với hoạt động bay.
Các sở Giao thông Vận tải phải phối hợp chặt chẽ với các cơ quan liên quan khắc phục sự cố do mưa, lũ gây ra, tiến hành phân luồng, đảm bảo giao thông khắc phục hậu quả bước 1 trên các quốc lộ ủy thác và đường địa phương, phối hợp điều hành việc vận tải, tăng bo hành khách và hàng hoá... ngay khi lũ rút.